Evaluation of credibility among epidemiological analysis methods for Staphylococcus aureus by whole-genome gene analysis

全基因组基因分析评价金黄色葡萄球菌流行病学分析方法的可信度

• 批准号: 22K10371
• 负责人: 永沢 善三
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: International University of Health and Welfare
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K10371/
• 关键词: MRSA; MLST; POT; PFGE; IR Biotyper; Coagulase typing; Whole genome analysis; 菌株相同性

薬剤耐性菌の出現と蔓延は世界的な問題であり、AMRの報告では、2050年には世界での悪性新生物による死亡数を超えて薬剤耐性菌による死亡数が上回ることが予測されている。薬剤耐性菌の蔓延を防止するには、散発的な感染か同一菌株による感染かを鑑別することが重要と言える。現在、細菌を対象とした疫学解析には、遺伝子学的手法であるMLST解析法、PFGE解析法、POT解析法が実施され、その解析結果を基準に院内感染の有無が評価されている。しかし、菌株によっては同一菌株であっても疫学解析手法の違いにより成績の乖離が認める。現在、疫学解析手法の信憑性を解析した世界的な検証データは認められない。本課題研究を実践するためには、多くの疫学解析が実施されている黄色ブドウ球菌を対象に世界的に実施されている１）MLST解析法、２）PPFGE解析法、および日本で頻用されている３）POT解析法、更に斬新的な４）MALDI-TOF MS解析法、５）赤外吸収分析 (IR Biotyper) 解析法を実施し、各疫学解析手法で得られた菌株間の相同性を比較検証し、各疫学解析手法での信憑性を評価する。この疫学解析手法の信憑性解析が確立すれば、多くの医療機関において院内感染の蔓延を適切かつ未然に防止することに繋がる。本研究では、国際医療福祉大学および自治医科大学医学部感染・免疫学講座細菌学部門の協力を得ながら黄色ブドウ球菌150菌株を収集し、菌株の再同定は質量分析計のMALDI BiotyperにてScore Valueが2.000以上を示した100菌株を対象に、CLSI法に準じた微量液体希釈法（ドライプレート栄研）を実施し、オキサシリンあるいはセフォキシチンのMIC値よりMSSAとMRSAの表現系による分類を行った。なお、薬剤感受性試験を実施した20薬剤について感性・耐性パターンによる分類も同時に実施した。

The emergence and spread of resistant bacteria in the world is a problem. AMR reports that the number of deaths of resistant bacteria in the world will increase by 2050. It is important to prevent the spread of resistant bacteria and to identify infections with the same strain. At present, the analysis method of MLST, PFGE, POT and the analysis result of bacteria are used to evaluate the existence of nosocomial infection. The same strain was isolated from the same strain by means of epidemiological analysis. Now, the reliability of the epidemic analysis method is analyzed in the world. This research has been carried out in the following ways: 1) MLST analysis, 2) PPFGE analysis, 3) POT analysis, 4) MALDI-TOF MS analysis, 5) infrared absorption analysis (IR Biotyper) analysis method is implemented, identification of identity between strains obtained by each epidemiological analysis method is verified, and reliability of each epidemiological analysis method is evaluated. The reliability analysis of this epidemiological analysis method has been established, and many medical institutions have been established to prevent the spread of nosocomial infections. In this study, the Department of Bacteriology, Department of Infection and Immunology, International University of Medical and Welfare, and Autonomous Medical University collaborated to collect 150 strains of Pseudomonas aureus and re-identify strains. MALDI Biotyper Score Value was more than 2.000. 100 strains were compared to CLSI method. The MIC values of MSSA and MRSA are classified according to the classification of MRSA. The sensitivity test is carried out at the same time as the sensitivity test.

项目成果

質量分析計を用いた黄色ブドウ球菌の 同定と結果解析

使用质谱法鉴定金黄色葡萄球菌并分析结果

• 发表时间: 2023
• 作者: 横尾篤美;中島久恵;梅村創;船島由美子;渡邊真弥;崔 龍洙;永沢善三
• 通讯作者: 永沢善三

Correlation of Strain Classification with IR Biotyper and Molecular Epidemiological Method of Pseudomonas aeruginosa

铜绿假单胞菌菌株分类与IR生物分型及分子流行病学方法的相关性

• 发表时间: 2021
• 期刊: Rinsho Biseibutshu Jinsoku Shindan Kenkyukai Shi
• 作者: Oho M;Nagasawa Z;Funashima Y;Ueda O;Watamabe S;Cui L;Miyamoto H;Sueoka E
• 通讯作者: Sueoka E

Detection of carbapenem-resistant bacteria in Gram-negative bacilli using RAISUS S4

使用 RAISUS S4 检测革兰氏阴性杆菌中的碳青霉烯类耐药菌

• 发表时间: 2022
• 作者: Yumiko Funashima;Rin Hamabe;Kei Tominaga;Zenzo Nagasawa
• 通讯作者: Zenzo Nagasawa