semi-in vivo系でのコヒーシンによる染色体機能と高次構造制御機構の解明

半体内系统中粘连蛋白阐明染色体功能和高阶结构控制机制

• 批准号: 22K06177
• 负责人: 坂田 豊典
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K06177/
• 关键词: コヒーシン; ATPase; コヒーシンローダー; 染色体高次構造; Micro-C; SMCタンパク質; 転写

コヒーシン複合体は遺伝子の転写制御などの染色体機能と高次構造の制御に寄与しており、in vitro実験系においてはその分子活性も徐々に明らかとなってきている。一方で、コヒーシンが実際に細胞内の染色体上でどのようにその分子活性を発揮して機能しているのかは不明である。そこで、コヒーシンによる転写及び高次構造制御の詳細を調べるため、透過処理したヒト培養細胞において、コヒーシン欠損時の高次構造の解析を行なった。Micro-Cを用いた詳細な解析を行なったところ、透過処理を施した細胞においても一部のクロマチンループは維持されていること、これらのループはコヒーシンに依存することが明らかとなった。また、ATPase変異コヒーシンの局在をChIP-seqで解析したところ、この変異コヒーシンの局在はコヒーシンローダーの結合サイトに極めて限定されていることがわかった。これらの結果から、コヒーシンのATPase活性はローディングサイトからのコヒーシンのクロマチン上での移動に重要な役割を果たしていることが示唆された。今後はこのsemi-in vivo実験系において、コヒーシン欠損時にNTPsを添加して転写プロファイルを解析する。また、この時のRNAPIIの結合プロファイル及びクロマチンループについてもそれぞれ解析する。さらに、同様の解析をコヒーシン変異型についても行う。また、コヒーシンを欠損させて染色体を”コヒーシンフリー”の状態にした細胞において透過処理を施し、そこにコヒーシン、コヒーシンローダーを含む細胞の核抽出液、またはコヒーシンのリコンビナントタンパク質を添加して、染色体高次構造の再構築を試みる。

コ ヒ ー シ ン complex は posthumous son 伝 の planning write suppression な ど の chromosome function と high secondary tectonic の suppression に send し て お り, the in vitro be 験 department に お い て は そ も の activity xu 々 に Ming ら か と な っ て き て い る. Party で, コ ヒ ー シ ン が be interstate に の chromosomes in the cell で ど の よ う に そ を の activity 発 swing し て function し て い る の か は unknown で あ る. そ こ で, コ ヒ ー シ ン に よ る planning write detailed を royal の and び high secondary tectonic system tuning べ る た め, through 処 し た ヒ ト culture cell に お い て, コ ヒ ー シ ン loss owed の high secondary tectonic line analytical を の な っ た. Micro - C を with い た detailed analytical line を な な っ た と こ ろ, through 処 を shi し た cells に お い て も a の ク ロ マ チ ン ル ー プ は maintain さ れ て い る こ と, こ れ ら の ル ー プ は コ ヒ ー シ ン に dependent す る こ と が Ming ら か と な っ た. ま た, ATPase - different コ ヒ ー シ ン の bureau in を ChIP - seq で parsing し た と こ ろ, こ の - different コ ヒ ー シ ン の bureau in は コ ヒ ー シ ン ロ ー ダ ー の combining サ イ ト に extremely め て qualified さ れ て い る こ と が わ か っ た. こ れ ら の results か ら, コ ヒ ー シ ン の ATPase activity は ロ ー デ ィ ン グ サ イ ト か ら の コ ヒ ー シ ン の ク ロ マ チ ン on で の mobile に important な "を cut fruit た し て い る こ と が in stopping さ れ た. Future は こ の semi - the in vivo be 験 department に お い て, コ ヒ ー シ ン loss owed に NTPs を add し て planning write プ ロ フ ァ イ ル を parsing す る. When ま た, こ の の RNAPII の combining プ ロ フ ァ イ ル and び ク ロ マ チ ン ル ー プ に つ い て も そ れ ぞ れ parsing す る. Youdaoplaceholder0, the same type of <s:1> resolution をコヒ さらに シ シ <s:1> variant type に さらに て て う line う. ま た, コ ヒ ー シ ン を owe loss さ せ て chromosome を "コ ヒ ー シ ン フ リ ー" の state に し た cells に お い て through 処 Richard を し, そ こ に コ ヒ ー シ ン, コ ヒ ー シ ン ロ ー ダ ー を の む cell nuclear extract, ま た は コ ヒ ー シ ン の リ コ ン ビ ナ ン ト タ ン パ ク qualitative を add し て, chromosome higher order structure の try to construct を み る.

项目成果

コヒーシンを原因とする発生疾患の解析で明らかとなってきたコヒーシンによるエンハンサーの組織的制御

通过分析粘连蛋白诱导的疾病揭示了粘连蛋白对增强子的系统控制

• 发表时间: 2022
• 作者: 朝倉真実;椋野敦弥;平野美奈子;井出徹;坂田豊典
• 通讯作者: 坂田豊典

Diverse genome-wide analyses in CdLS and CHOPS syndrome reveal defects of enhancer organization mediated by cohesin

CdLS 和 CHOPS 综合征的多种全基因组分析揭示了粘连蛋白介导的增强子组织缺陷

• 发表时间: 2022
• 作者: 朝倉真実;椋野敦弥;平野美奈子;井出徹;坂田豊典;Toyonori Sakata
• 通讯作者: Toyonori Sakata