Towards understanding of life cycle of prematurely terminated RNAs accumulated in cancer cells

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本年度は、公的データベースに登録されている様々な遺伝子のノックダウン・ノックアウト条件におけるRNA-seq1,110例と、がんデータベースTCGAのRNA-seqの解析を行った。TCGAデータについては、同一患者で原発がん組織と隣接正常組織の両方のデータがある22がん種・719症例を対象とした。【ノックダウン・ノックアウトデータの分析】ptRNA制御との関連が疑われる因子を新たに複数同定することができた。その中には、がん治療の標的として阻害剤の開発が進められているものも含まれていた。得られた候補遺伝子のうち、特にがんと関連するものについては、培養細胞における実験的な検証の準備と予備検討に着手した。ユビキチンリガーゼosTIR1の安定発現細胞株を作出した後、候補遺伝子のコード領域にAIDタグを挿入した細胞株を樹立した。これらの細胞において、オーキシンの投与によって目的の遺伝子を特異的かつ迅速にノックダウンできることを確認済みである。また、同細胞株を用いた次世代シーケンスによるptRNA解析の実験系検討も概ね完了した。【がんトランスクリプトームデータの分析】全ての症例に関して、ptRNAの同定と定量を完了した。その結果をt-SNEにより分析した結果、ptRNAの発現パターンで症例を複数のクラスターに分けられるがん種が複数存在することを見出した。それらのうち一部は、ptRNA発現が上昇傾向にある群と低下傾向にある群に明確に分かれていた。そのさらに一部のがん種では、ptRNA発現上昇群は低下群と比べ(i)予後が有意に悪く、(ii)エピジェネティクス関連の遺伝子の発現が有意に低いことを明らかにした。