膵癌の局所空間における分子遺伝学的不均一性とその病理形態学的意義の探索

胰腺癌局部空间分子遗传异质性探讨及其病理形态学意义

• 批准号: 22K06968
• 负责人: 林 玲匡
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Kyorin University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2026-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K06968/
• 关键词: 膵癌; 腫瘍内不均一性; 空間的遺伝子発現解析

診断、治療技術の発展した今日においても膵癌は悪性腫瘍全体の中で有意に予後不良である。本研究は、この難治性癌の代表である膵癌に対して、近年注目されている空間的遺伝子発現解析を用いて局所の進展過程の背景にある分子遺伝学的変化を解明しようというものである。杏林大学病理部に保管されている膵管癌症例を100例以上を系統的にレビューして腫瘍内で形態学的変化の強い20例を抽出した。そして、FFPE（ホルマリン固定パラフィン包埋標本）検体から抽出したRNAをquality checkの上、解析基準を満たす10症例を選出した。これらの症例のうち、退形成変化のある膵管癌4症例を用いて、FFPE対応のVisiumプラットフォーム（10X社）で解析を行った。特殊スライドの6.5mm四方内にある5000スポットのうち、平均で4660(4057-4992)スポットの発現が同定可能であった。Loupe Browserを用いた高次解析では、形態学的変化が見られる部分に概ね一致して発現変化が見られるとともに、形態学的変化が乏しい部分でも領域性の発現変化が見られた。現在はこの結果をもとに、gene ontology analysisやパスウェイ解析により変動遺伝子の特徴、分子遺伝学的意義を探索している。同時に鍵となる遺伝子（遺伝子群）の抽出を進めている。なお、本研究は理化学研究所がんゲノム研究チーム（中川研究室）と共同で行っている。

即使在今天，随着诊断和治疗技术的发展，胰腺癌在所有恶性肿瘤中的预后都明显较差。这项研究旨在利用空间基因表达分析阐明局部发育过程背后的分子遗传变化，近年来，胰腺癌是难治性癌症的代表。系统地审查了柯林大学病理学系中存储在病理学系中的100例胰腺癌病例，以提取20例在肿瘤中具有强烈形态变化的病例。然后，对从FFPE（福尔马林固定石蜡包裹的标本）提取的RNA进行了质量检查，并选择了10例符合分析标准的情况。在这些情况下，使用了四例具有偏变量变化的胰管导管癌使用启用FFPE的森林平台（10倍）来分析结果。在特殊幻灯片的6.5毫米平方内的5,000个斑点中，可以平均识别出4660（4057-4992）斑点的表达。在使用Loupe浏览器的高阶分析中，表达变化通常与观察到形态变化的区域一致，并且在形态变化较差的地区也观察到区域表达变化。基于这些结果，我们目前正在通过基因本体分析和途径分析探索可变基因的特征和分子遗传意义。同时，我们继续提取关键基因（基因组）。这项研究是与癌症基因组研究小组（Nakagawa Laboratory）合作进行的。

项目成果

膵管癌における DNA メチル化の腫瘍内不均一性と遍在性

胰腺导管癌瘤内异质性和 DNA 甲基化的普遍性

• 发表时间: 2022
• 作者: Zhang Haochen;Karnoub Elias-Ramzey;Umeda Shigeaki;Chalign? Ronan;Masilionis Ignas;McIntyre Caitlin A.;Sashittal Palash;Hayashi Akimasa;Zucker Amanda;Mullen Katelyn;Hong Jungeui;Makohon-Moore Alvin;Iacobuzio-Donahue Christine A.;林玲匡
• 通讯作者: 林玲匡

Application of high-throughput single-nucleus DNA sequencing in pancreatic cancer.

• DOI: 10.1038/s41467-023-36344-z
• 发表时间: 2023-02-10
• 期刊: NATURE COMMUNICATIONS
• 影响因子: 16.6
• 作者: Zhang, Haochen;Karnoub, Elias-Ramzey;Umeda, Shigeaki;Chaligne, Ronan;Masilionis, Ignas;McIntyre, Caitlin A.;Sashittal, Palash;Hayashi, Akimasa;Zucker, Amanda;Mullen, Katelyn;Hong, Jungeui;Makohon-Moore, Alvin;Iacobuzio-Donahue, Christine A.
• 通讯作者: Iacobuzio-Donahue, Christine A.