腸内細菌叢による大腸癌subtypingとその免疫微小環境のscRNAseq解析

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近年、大腸癌において発癌と腸内細菌叢(microbiome)の関連性が報告されるようになったが、これまでmicrobiomeとCMS分類との関連について検討した報告はない。特異的なmicrobiomeとCMS分類との相関が示せれば、遺伝子解析などを行わず簡便な便検体の菌叢解析のみで個別化治療選択や個別の予後予測が可能になるかもしれない。さらに、CMS分類と相関する特定のmicrobiomeを同定し、そのmicrobiomeのsubtype別の免疫微小環境の特徴をsingle cell RNA sequence (scRNA-seq) を用いて明らかにすることを目的とする。本年度は、大腸癌患者の術前の便検体を採取し、すでに100例以上の様々なサブタイプの大腸癌患者の便検体を得た。一部は菌叢解析に提出し、サブグループ別に比較し菌叢の違いを検索している。また、大腸癌10例以上、その他消化器癌を含めて100例以上の症例でscRNA-seqを行っており、免疫微小環境を構成する様々な免疫細胞やCAFのheterogeneity、各細胞亜集団の分化の流れや細胞間相互作用などについて解析をすすめている。CD4+ Tcell、CD8+ T cell、myeloid cell、fibroblastは、癌腫や発癌段階によって異なるheterogeneityを示し、これらの違いと菌叢の違いに相関があるかどうかを、今後検討していく。