メタゲノム解析とオミクス解析を用いたFontan術後蛋白漏出性胃腸症の病態解明

Fontan術後に発症するPLEはしばしば治療抵抗性で予後不良であるが、発症や活動性を予測するバイオマーカーは開発されていない。本研究はFontan術後PLE患者とPLE未発症患者の腸内細菌叢を、16S rRNAを標的とした次世代シークエンスにより網羅的に解析して比較した。その上で細菌叢の多様性や特定菌種の存在量の変動がPLEの発症や活動性と関連するか検討することを目的とした。研究開始後、計17人のPLE患者とPLE未発症の対照患者23人の患者から同意を得た。PLE患者のうち1名、対照群のうち3名は細菌叢に影響しうる抗菌薬を内服中または検体不良によって除外した。PLE患者のうち活動性PLE患者が7名、1年以上血清アルブミン値: 3.0g/dl以上を維持している寛解期PLE患者が9名であった。対照群は20例となった。便サンプルから細菌DNAを抽出した後、16S rRNA領域のPCR増幅を行い、次世代シークエンンサーMiseqを用いて配列データを得た。配列データを得た後の細菌叢に関する一連の解析を、QIIME2パイプラインにより行った。細菌叢解析の結果、α多様性の指標であるShannon indexとChao1、Faith’s PDは、活動性PLE群で低く、細菌叢の多様性低下が示唆された。各群の細菌叢を主座標分析でプロットしunweghited Unifrac距離を算出すると、活動性PLEと対照群間および活動性PLEと寛解期 PLE間に差を認め、活動性PLE患者は他2群と異なる細菌叢を持つことが示唆された。今後は異なる手法での解析を追加し、成果について学会での報告、論文での発表を計画している。

Fontan術後に発症するPLEはしばしば治療抵抗性で予後不良であるが、発症や活動性を予測するバイオマーカーは開発されていない。本研究はFontan術後PLE患者とPLE未発症患者の腸内細菌叢を、16S rRNAを標的とした次世代シークエンスにより網羅的に解析して比較した。その上で細菌叢の多様性や特定菌種の存在量の変動がPLEの発症や活動性と関連するか検討することを目的とした。研究開始後、計17人のPLE患者とPLE未発症の対照患者23人の患者から同意を得た。PLE患者のうち1名、対照群のうち3名は細菌叢に影響しうる抗菌薬を内服中または検体不良によって除外した。PLE患者のうち活動性PLE患者が7名、1年以上血清アルブミン値: 3.0g/dl以上を維持している寛解期PLE患者が9名であった。対照群は20例となった。便サンプルから細菌DNAを抽出した後、16S rRNA領域のPCR増幅を行い、次世代シークエンンサーMiseqを用いて配列データを得た。配列データを得た後の細菌叢に関する一連の解析を、QIIME2パイプラインにより行った。細菌叢解析の結果、α多様性の指標であるShannon indexとChao1、Faith’s PDは、活動性PLE群で低く、細菌叢の多様性低下が示唆された。各群の細菌叢を主座標分析でプロットしunweghited Unifrac距離を算出すると、活動性PLEと対照群間および活動性PLEと寛解期 PLE間に差を認め、活動性PLE患者は他2群と異なる細菌叢を持つことが示唆された。今後は異なる手法での解析を追加し、成果について学会での報告、論文での発表を計画している。