もやもや病脳動脈COL15A1発現低下のエピゲノム制御機構と病態生理の解明

阐明烟雾病脑动脉COL15A1表达降低的表观基因组控制机制和病理生理学

• 批准号: 22K09254
• 负责人: 荒木 芳生
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K09254/
• 关键词: もやもや病; 次世代シークエンシング; 蛋白発現解析

もやもや病好発年齢、進行期である20歳以下の患者検体は、中高年以降の患者と比較して病変部動脈壁の菲薄化がさらに進行しており、western blotを行う上で十分量の蛋白が得られないと判断した。そこで2022年度は次世代シークエンシングを用いて、20歳未満の患者群、対照群についてトランスクリプトームを行うことで、病変部におけるCOL12A1の発現について検索を行うこととした。20歳以下のもやもや病患者を疾患群、焦点切除術を受けた難治性てんかん患者を対照群とした。脳表の動脈壁からtotal RNAを抽出し、NGSによるRNA-Seqを行った。データのマッピングと標準化ののち2群比較を行った。q-value＜0.05かつ｜Log2 fold change｜＞2のものをdifferentially expressed gene(DEG)とした。もやもや病10例、てんかん5例の比較に対しアッセイを行った。男女比と年齢分布は両群で一致させた。対照と比較し、もやもや病群では42遺伝子が高発現、144遺伝子が低発現、合計166遺伝子がDEGとなったが、CAL12A1はこれに含まれなかった。DEGsに対するエンリッチメント解析ではマトリソーム、細胞接着、血管新生に関連する遺伝子セットが有意に多く見られた。しかしながら特にもやもや病群において、次世代シークエンシングにおいてマッピング率が50%を下回るなど極端に低い値となっていた。開始total RNA量が微量であることが想定された。現在はこれまでのプロトコールよりもさらに微量の開始toral RNA量からライブラリ作成が可能なsingle cellを対象としたＮＧＳライブラリ作成キットを用いたプロトコールを作成中である。

During the first two years of illness, the body weight of the patients under 20 years old, the patients in the middle and advanced age, the patients in the middle and old age were compared with the patients in the disease department, and the protein was measured in the western blot test. In the year 2022, the next generation

项目成果

もやもや病好発年齢における頭蓋内動脈に対する次世代シークエンサーを用いた網羅的転写解析

使用下一代测序仪对烟雾病发病年龄的颅内动脉进行全面转录分析

• 发表时间: 2023
• 作者: 横山欣也;金森史哲;髙栁海;石井一輝;宇田憲司;荒木芳生;前澤聡;吉川和宏;齋藤竜太
• 通讯作者: 齋藤竜太

もやもや病進行期における頭蓋内動脈に対する次世代シークエンサーを用いた網羅的転写解析

使用下一代测序仪对烟雾病晚期颅内动脉进行全面转录分析

• 发表时间: 2022
• 作者: 横山欣也;金森史哲;髙栁海;石井一輝;宇田憲司;荒木芳生;前澤聡;吉川和宏;齋藤竜太
• 通讯作者: 齋藤竜太