Metabolome analysis for identification of urothelial carcinoma metabotypes and exploration of diagnostic and therapeutic targets

代谢组分析用于鉴定尿路上皮癌代谢型并探索诊断和治疗靶点

• 批准号: 22K09465
• 负责人: 土谷 順彦
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Yamagata University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K09465/
• 关键词: 尿路上皮癌; メタボローム; メタボタイプ; メタボロミクス

4つの尿路上皮癌細胞株（T24、RT4、HT1376、ScabER）について、メタボタイプ分類を試みた結果、これらの細胞株はそれぞれ特徴的な代謝物のパターンを示すことが明らかになった。ランダムフォレストを用いた分類モデルにおいて、15代謝物が重要な特徴量として特定され、さらに平均減少精度に基づく特徴量の重要度の評価において、5代謝物が特定された。RT4（Luminalサブタイプ）では、5-Oxoproline-2、3-Methyl-2-oxovaleric acid、Glycine-3TMSは高濃度で、N-Acetylaspartateと5-Aminovaleric acidは低濃度であった。一方、HT1376（Basal/squamousサブタイプ）はRT4と補完的な代謝物濃度のパターンを示した。T24（p53-likeサブタイプ）は、RT4とHT1376の中間的な代謝物濃度のパターンを示し、ScaBER（Basal/squamousサブタイプ）はこれらの濃度は全て低値であった。15代謝物を用いたメタボローム分類モデルは、ScaBERの1サンプルがT24に分類されたのみで（1/3、33%）それ以外は正確に分類された。代謝物の機能別にみると、RT4では糖代謝、脂質代謝、アミノ酸代謝に関連する代謝物の多くが高濃度を示したのに対し、HT1376はN-Acetylaspartic acid-3TMSと5-Aminovalericacidが高濃度を示した。その他、特徴的な代謝物はGlycyl-Glycineで、T24に特徴的に高濃度に存在していた。以上から、従来の分子サブタイプを代表する細胞株においてメタボタイプの特徴が示された。

4 つ の urothelial cancer cells (T24, RT4, HT1376, ScabER) に つ い て, メ タ ボ タ イ プ classification を try み た results, こ れ ら の cell lines は そ れ ぞ れ な metabolites of 徴 の パ タ ー ン を shown す こ と が Ming ら か に な っ た. ラ ン ダ ム フ ォ レ ス ト を with い た classification モ デ ル に お い て amount, 15 metabolites が important な 徴 と し て specific さ れ, さ ら に に base by an average precision づ く 徴 quantity の important degree の review 価 に お い て, 5 metabolites が specific さ れ た. RT4 (Luminalサブタ プ) で, 5-Oxoproline-2, 3-Methyl-2-oxovaleric acid, Glycine-3TMS <s:1> high concentration で, N-Acetylaspartateと5-Aminovaleric acid であった low concentration であった. Side, HT1376 (Basal hominins/squamous サ ブ タ イ プ) は RT4 と fill out な metabolites concentration の パ タ ー ン を shown し た. T24 (p53 - like サ ブ タ イ プ) は, RT4 と HT1376 の な metabolites concentration among の パ タ ー ン を し, ScaBER (Basal hominins/squamous サ ブ タ イ プ) は こ れ ら の concentration on whole て は numerical で あ っ た. 15 metabolites を with い た メ タ ボ ロ ー ム classification モ デ ル は, ScaBER の 1 サ ン プ ル が T24 に classification さ れ た の み で (a third, 33%) そ れ outside は に correct classification さ れ た. Metabolites の function don't に み る と, RT4 で は sugar metabolism, lipid metabolism, ア ミ ノ acid metabolism に masato even す る metabolites の く more が high-concentration を shown し た の に し, seaborne HT1376 は N - Acetylaspartic acid - 3 TMS と 5 - Aminovalericacid が high-concentration を shown し た. Youdaoplaceholder0 そ he, the characteristic な metabolite で Glycyl-Glycineで, and the に characteristic に high concentration に of T24 are present at て て た た た た. Above か ら, 従 to の molecular サ ブ タ イ プ を representative す る cell lines に お い て メ タ ボ タ イ プ の, 徴 が shown さ れ た.