シングルセル解析を用いたオートファジー依存型結石抑制遺伝子の同定

使用单细胞分析鉴定自噬依赖性结石抑制基因

• 批准号: 22K09508
• 负责人: 海野 怜
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Nagoya City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K09508/
• 关键词: 尿路結石; シングルセル; RNA sequencing; 腎結石; オートファジー; シングルセルRNAシークエンス

まずは、seq-well方法を用いたsingle cell RNA seqencing前までの組織の処理、準備を確立した。手順としては、採取した新鮮組織を消化酵素処理し、全細胞を単離後、バーコードを付加したビーズ処理を行った後、バーコード配列を有したcDNAを作成しました。cDNAを増幅させ、libraryを作成した。それを次世代シークエンサーを用いてsequencingを行い、得られた結果を共同研究先であるUCSFのHuangラボと分析を行いました。用いる組織は、結石患者では尿管結石のため内視鏡手術ではなく腎全体を摘出することになった組織のうち、腎乳頭を含む皮質から乳頭部までを用いました。非結石患者は、局所腎癌のため腎摘出術を行なった患者の、正常部分の腎乳頭を含む皮質から乳頭部までを用いました。結石患者と非結石患者それぞれ10検体ずつ腎組織を用いて、sequenceと分析を行いました。クラスタリング(heatmap)を行ったところ15のサブクラスター(細胞集団)が同定されました(UMAP: Uniform Manifold Approximation and Projectio,dimension reduction technique for visualization.)。特に、従来言われていた腎臓を構成する細胞群だけではなく、特に免疫細胞のあらたなサブクラスターを見出しました。

The seq-well method is used to analyze the organization before using the single cell RNA seqencing method, and prepare to confirm the registration. The digestive enzymes were collected by hand, and the digestive enzymes were processed by the new tissue. After the whole cell was processed, the whole cell was processed, and after the treatment was done, the equipment was equipped with cDNA to make the enzyme. CDNA frames and library frames are used to make a picture. The results of the joint study of the results of the sequencing analysis of the next generation have been conducted in the next generation. The results of the joint study are based on the analysis of the UCSF. By using the tissue and the results of the patient's urinary catheter, the whole body of the patient's urinary catheter was extracted from the tissue tissue, the breast tissue and the breast. The patients with non-calculus, the local cancer surgery and the normal breast cancer were used in the treatment of patients and normal breast cancer. Results the tissue samples of 10-year-old patients with non-clinical stone were analyzed by means of sequence analysis. This is the same as the cell collection (UMAP: Uniform Manifold Approximation and Projectio,dimension reduction technique for visualization.). The cell population, immune cell, immune cell and immune cell.

项目成果

Deregulated MTOR (mechanistic target of rapamycin kinase) is responsible for autophagy defects exacerbating kidney stone development

• DOI: 10.1080/15548627.2019.1635382
• 发表时间: 2020-04
• 期刊: Autophagy
• 影响因子: 13.3
• 作者: R. Unno;Tsuyoshi Kawabata;K. Taguchi;Teruaki Sugino;S. Hamamoto;R. Ando;A. Okada;K. Kohri