Construction of genetic risk score evaluation method aiming at early detection of glaucoma

针对青光眼早期发现的遗传风险评分评估方法的构建

• 批准号: 22K09806
• 负责人: 布施 昇男
• 金额: $ 2.33万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K09806/
• 关键词: 緑内障; 多遺伝子リスクスコア; ゲノムワイド相関解析; 一塩基多型; オミックス解析; 眼圧; 視神経乳頭; GWAS

近年、遺伝子多型のゲノムデータベースは急速に充実、インフラストラクチャーが整ってきている。失明原因の第一位である緑内障の中で、環境因子とともに多数の遺伝子バリアントが作用することで引き起こされる一般的な緑内障のリスク判定は、依然として難しい状況である。本研究課題においては、SNP情報に加え、メタボローム情報、眼科生理学的検査（眼圧、光干渉断層計（OCT）で撮影された網膜断層画像）から得られる情報を加味した多遺伝子リスクスコア（polygenic risk score：PRS）評価法の構築を目的とする。研究としては、１）基盤となる、コホート眼科データの表現型解析と大規模統合データベースの作成を開始した。OCTによる網膜層厚パラメータの性差、年齢分布に関する正常人データベースの作成を行っている。２）続けてSNP情報の整理を行い、眼科形質に関するゲノムワイド相関解析Genome-wide association study (GWAS)を施行した。緑内障に関連した因子である眼圧、視神経乳頭の大きさ（垂直乳頭直径：VDD）、視神経乳頭陥凹（VCDR）に着目しGWASを施行した。各々新規の遺伝子座が見いだされ、欧米では眼圧の高い開放隅角緑内障の頻度が高いが、本邦を含む北東アジアでは正常眼圧緑内障の頻度が極めて高いという緑内障病型の相違を考慮すると、新規の遺伝子座はPRS構築に有用であると考える。３）代謝の下流にある「血漿メタボローム」との関連解析（MGWAS）を行う準備を整えている。SNP情報に加え、メタボローム情報、眼科生理学的検査（眼圧、OCT画像）から得られる情報を加味した多遺伝子リスクスコア（PRS）評価法の構築基盤を策定している。

In recent years, the number of genetic mutations has increased rapidly, and the number of mutations has increased rapidly. The first cause of blindness is cataract, and environmental factors play a role in most cataract cases. This research topic is about SNP information addition, analysis, ophthalmological physiological models (eye pressure, OCT, retinal tomography), information acquisition, modification, polygenic risk score (PRS) evaluation and construction. Study on the phenotype analysis of ophthalmic samples and the preparation of large-scale integrated samples OCT layer thickness, age distribution, and the formation of normal human body parameters 2) The Genome-wide Association Study (GWAS) was conducted for the analysis of SNP information and ophthalmological characteristics. cataract related factors such as eye pressure, papilla size (vertical papilla diameter: VDD), papilla recess (VCDR), and GWAS The frequency of cataract in high middle open corner of eye pressure in Europe is high, and the frequency of cataract in normal eye pressure in China is very high. 3) Metabolic downstream analysis (MGWAS) of plasma concentration and correlation analysis (MGWAS). SNP information is added, information is displayed, and the examination of ophthalmic physiology (eye pressure, OCT image) is obtained. The information is modified, and the construction base of PRS evaluation method is determined.