Single-cell analysis of adaptive immune system cells in IBD patients

IBD 患者适应性免疫系统细胞的单细胞分析

• 批准号: 22KJ2212
• 负责人: 荒瀬 充
• 金额: $ 1.6万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2023
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2023-03-08 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KJ2212/
• 关键词: 炎症性腸疾患; クローン病; 組織常在性メモリーT細胞

炎症性腸疾患は腸管の慢性的な炎症を呈し、寛解と増悪を繰り返す疾患である。臨床的な症状と病理所見からクローン病と潰瘍性大腸炎に分類され、近年は本邦も含め世界中で増加傾向にある疾患である。本研究では複数のシングルセル解析手法を用いて先行研究において発見したクローン病に特徴的な細胞障害性を持つCD4陽性組織常在性記憶T細胞集団の詳細な解析を行い、新たな治療ターゲットを発見することを目的としている。今年度は炎症性腸疾患の腸管検体から単離した粘膜固有層単核球細胞を用いてフローサイトメトリーによってCD4陽性T細胞を分取した後に、その細胞を用いて単一細胞からRNAとオープンクロマチン領域の情報を解析するシングルセルMultiome及び、単一細胞からRNAと表面タンパクの情報の解析を行うCITE-seqを施行した。そして、これらの実験から得られたデータを複数の解析手法と組み合わせることによって転写因子X、Yが先行研究で発見した細胞障害性を持つCD4陽性組織常在性記憶T細胞の誘導に関与していることがわかった。今後はこれらの転写因子が実際にクローン病の発症や再燃に関与しているかどうかを検索するため、これらの転写因子を腸管由来のCD4陽性T細胞に過剰発現やノックダウンすることでその細胞の機能がどう変化するかという解析を行なっていく予定である。また、T細胞におけるこれらの転写因子の発現と実際の臨床データ及び疾患活動性がどのように変化しているかを解析する予定である。

Inflammatory bowel disease is a chronic inflammation of the intestine. Clinical symptoms, pathological findings, classification of ulcerative colitis, and a tendency to increase in the world in recent years In this study, we used multiple analysis methods to study the cell barrier characteristics of CD4-positive tissues and to analyze the memory T cell pool in detail, and to develop new treatment methods. This year, the intestinal mucosa of inflammatory bowel disease is isolated from the normal mucosa, and the CD4 positive T cells are isolated from the normal mucosa. CITE-seq is used to analyze the information of the normal mucosa and the normal mucosa. The factors X and Y were studied in advance and found to be related to the induction of CD4-positive tissue permanent memory T cells. In the future, the expression factors of CD4 positive T cells derived from intestinal tract will be detected and analyzed in the context of disease development and reignition. The expression of these factors in T cells and the activity of T cells are determined by clinical data.