シングルセルマルチオミクスによる泌尿器腫瘍免疫微小環境の経時変化と修飾因子の探索

利用单细胞多组学探索泌尿肿瘤免疫微环境的时程变化和修饰因素

• 批准号: 22KJ0786
• 负责人: 牧野 克洋
• 金额: $ 1.09万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2023
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2023-03-08 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KJ0786/
• 关键词: シングルセル解析; マルチオミクス; 尿路上皮癌; 免疫微小環境

近年シングルセル解析を用いて、腫瘍免疫微小環境を詳らかにする"cell atlas project"が多くのがん種で行われている。しかしながら、泌尿器悪性腫瘍（特に尿路上皮癌）については十分な細胞数のアトラスが未だないのが現状である。また、その多くがsingle cell RNA-seqを用いて作られたアトラスであるが、我々は単一細胞からトランスクリプトーム、エピゲノム、細胞表面タンパクの3層にわたる情報を同時にかつ網羅的に取得可能なDOGMA-seqを利用することで、より精緻に免疫微小環境を特徴づけることを目的としている。2022年度においては精力的に検体を収集して検体処理を行い、DOGMA-seqのライブラリ作成およびシークエンスは終了した。40症例以上のサンプルを使用し、これらのサンプルをmultiplexすることでシークエンスに関連したbatch effectを極力減らすことに成功し、20万を超える単一細胞のデータセットを得ることができた。尿路上皮癌の免疫微小環境を構成する細胞種を同定し、これらの表面タンパクの発現状況がどのようになっているか、さらには転写因子のactivityを推定することでgene regulatory networkを同定した。また、腫瘍の局在、悪性度、ステージなどの臨床データと統合し、これらの細胞種の割合がステージの進行と共にどのように変化していくかを明らかにすることができた。

In recent years, it is necessary to analyze the use of drugs and immunity to the micro-environment, such as "cell atlas project", multi-environmental protection, health care, prevention and treatment. Urinary tract cancer, urinary tract epithelial cancer, urinary tract cancer, urinary tract epithelial cancer, urinary tract epithelial cancer, urinary tract cancer, Multi-purpose single cell RNA-seq is used to make use of real-time information, such as the number of cells, the number of cells, and the surface of the cell. At the same time, the acquisition of the Internet is possible through the use of micro-environment immunity. The purpose of this network is to improve the quality of DOGMA-seq. In the year of 2022, the collection of energy in the year 2022 has been completed in the form of a series of information, such as the management of the body and the management of the DOGMA-seq. In more than 40 cases, there were more than 40 cases.