Modeling of genes and epigenome intracellular regulatory network and analysis of cellular differentiation mechanisms

基因和表观基因组细胞内调控网络建模及细胞分化机制分析

• 批准号: 25730011
• 负责人: KOJIMA Kaname
• 金额: $ 1.41万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2013
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2013-04-01 至 2015-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25730011/
• 关键词: 細胞内制御ネットワーク; エピジェネティクス; 次世代シークエンサー; 遺伝子発現; 次世代シークエンサ; 遺伝子制御ネットワーク; 変異コール; 遺伝子発現量定量

项目成果

HapMonster: a statistically unified approach for variant calling and haplotyping based on phase-informative reads

HapMonster：基于阶段信息读取的变异调用和单倍型分析的统计统一方法

• 发表时间: 2014
• 期刊: Lecture Notes in Computer Science
• 作者: Kaname Kojima;Naoki Nariai;Takahiro Mimori;Yumi Yamaguchi-Kabata;Yukuto Sato;Yosuke Kawai;and Masao Nagasaki
• 通讯作者: and Masao Nagasaki

SVEM: a Structural Variant Estimation Method using Multi-Mapped Reads on Breakpoints

SVEM：一种使用断点上的多映射读取的结构变异估计方法

• 发表时间: 2014
• 期刊: 1st International Conference on Algorithms for Computational Biology (AlCoB 2014)
• 作者: Tomohiko Ohtsuki;Naoki Nariai;Kaname Kojima;Takahiro Mimori;Yukuto Sato;Yosuke Kawai;Yumi Yamaguchi-Kabata;Tetsuo Shibuya;Masao Nagasaki
• 通讯作者: Masao Nagasaki

Short tandem repeat number estimation from paired-end sequence reads by considering unobserved genealogy of multiple individuals

通过考虑多个个体的未观察谱系，从配对末端序列读取中估计短串联重复次数

• 发表时间: 2015
• 作者: Kaname Kojima;Yosuke Kawai;Naoki Nariai;Takahiro Mimori;Takanori Hasegawa;and Masao Nagasaki
• 通讯作者: and Masao Nagasaki

HLA-VBSeq: accurate HLA typing at full resolution from whole-genome sequencing data.

• DOI: 10.1186/1471-2164-16-s2-s7
• 发表时间: 2015
• 期刊: BMC genomics
• 影响因子: 4.4
• 作者: Nariai N;Kojima K;Saito S;Mimori T;Sato Y;Kawai Y;Yamaguchi-Kabata Y;Yasuda J;Nagasaki M
• 通讯作者: Nagasaki M

TIGAR2: sensitive and accurate estimation of transcript isoform expression with longer RNA-Seq reads.

• DOI: 10.1186/1471-2164-15-s10-s5
• 发表时间: 2014
• 期刊: BMC genomics
• 影响因子: 4.4
• 作者: Nariai N;Kojima K;Mimori T;Sato Y;Kawai Y;Yamaguchi-Kabata Y;Nagasaki M
• 通讯作者: Nagasaki M