蛋白質の立体構造にタイムスタンプを付し構造遷移過程の全容を解明する手法の確立
蛋白質の立体構造にタイムスタンプを付し構造遷移過程の全容を解明する手法の確立
批准号:
22K18376
负责人:
清水 啓史
金额:
$16.64万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Challenging Research (Pioneering)
财政年份:
2022
资助国家:
日本
项目状态:
未结题
起止时间:
2022-06-30 至 2025-03-31
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英文摘要
蛋白質は機能を発揮する際に立体構造変化を伴う。X線・電子線結晶構造解析の成果により、安定な状態の立体構造情報が蓄積していく一方で、機能発現に伴う構造変化、特に遷移過程については知見が少ない。近年、スナップショットとして得られている安定した構造だけでなく、構造変化の遷移過程における準安定状態が機能発現において重要であることが指摘されている。そこで本研究では、X線1分子動態計測法、電子線単粒子解析法、計算機シミュレーションを融合して、蛋白質の立体構造に時刻の情報を付加し、構造変化過程の全体像を可視化する手法を確立することを目指している。22年度は、X線1分子動態計測実験では、構造遷移過程の詳細を明らかにするためのデータ蓄積を行うとともに、運動の開始点をそろえるための観測チャンバ開発を行った。また、単粒子解析法では、データ解析に資する観測粒子数を増やすとともに、構造解析を行った。その結果、急速に溶液条件を変化させることが可能なシステム開発に成功するともに、これまでに知られていなかった新規構造を解明した。X線1分子動態計測法では金ナノ結晶を観測プローブとして、蛋白質の構造変化の遷移過程をサブミリ秒の時間分解能で連続的に記録することができる。また、単粒子解析法では生理的な条件で立体構造解析が可能であり、同一条件下で複数の構造を分類して得られる。X線1分子動態計測計測実験、単粒子構造解析の結果は、日本生理学会で報告し、観測チャンバ開発の結果は、CHEMINASで発表予定である。研究開始当初の見通しより早く研究が進展している。
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会议论文
A new gating model of K+ channel based on cryo-EM structures and single-molecule dynamics measurements using X-ray
基于冷冻电镜结构和 X 射线单分子动力学测量的新型 K 通道门控模型
DOI:
--
发表时间:
2023
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Hirofumi Shimizu, Hiroko Takazaki, Yoshikazu Hirai, Takuo Yasunaga]
通讯作者:
Takuo Yasunaga
1分子動態・構造解析による新しい K+チャネルゲーティングモデルの提案構造情報を基盤とした膜機能分子の生理機能理解に向けて
提出基于单分子动力学和结构分析的新型K+通道门控模型基于结构信息理解膜功能分子的生理功能
DOI:
--
发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Hirofumi Shimizu, Hiroko Takazaki, Yoshikazu Hirai, Takuo Yasunaga, 清水 啓史]
通讯作者:
清水 啓史
X線1分子動態計測による膜蛋白質マルチセンシング機構の動的解明
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批准号:23K27355
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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资助金额:$6.99万
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财政年份:2024
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负责人:清水 啓史
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依托单位:
X線1分子動態計測による膜蛋白質マルチセンシング機構の動的解明
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批准号:23H02664
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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资助金额:$12.06万
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财政年份:2023
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负责人:清水 啓史
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依托单位:
エックス線分子生理学:イオンチャネル1分子電流と1分子構造変化の同時計測
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批准号:20689006
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项目类别:Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
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资助金额:$11.4万
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财政年份:2008
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负责人:清水 啓史
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依托单位:
エックス線1分子計測によるイオンチャネル開閉ダイナミクスの解析
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批准号:20050010
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.98万
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财政年份:2008
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负责人:清水 啓史
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依托单位:
膜蛋白質3次元結晶の電気特性測定法の開発
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批准号:13878133
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项目类别:Grant-in-Aid for Exploratory Research
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资助金额:$0.38万
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财政年份:2001
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负责人:清水 啓史
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依托单位:
海外基金