組合せで働く転写因子発見を可能にする多重検定補正法の開発
开发多重测试校正方法,能够发现组合发挥作用的转录因子
基本信息
- 批准号:13J07366
- 负责人:
- 金额:$ 1.47万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
- 财政年份:2013
- 资助国家:日本
- 起止时间:2013-04-01 至 2015-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本研究では、転写因子の相乗効果の統計的な解析において直面する、多重検定補正法による低い検出力と膨大な計算時間を改善するため、無限次数多重検定法(Limitless Arity Multiple testing Procedure; LAMP)を平成25年度に開発した。ところが、LAMPを実験データの解析へ応用すると、高速化が不十分で解析が難しいことが多かった。このため、平成26年度は、深さ優先探索でLAMPと同じ結果を求めるアルゴリズムを開発することで、従来の幅優先探索を行うLAMPに比べて、100倍以上の高速化を達成した。高速化したソフトウェアは、http://www.seselab.org/lampにて公開している。高速化したことで、より大規模なデータが扱えるようになり、転写因子の組み合わせの効果の検出だけではなく、他の問題へLAMPを応用することが可能となった。その一例として、疾患関連遺伝子の同定などのためによく行われているゲノムワイド関連解析(GWAS)へLAMPを応用した。GWAS解析では、GWASデータに加えてタンパク質間相互作用ネットワークなどのグラフ構造も利用した解析が有効である。このため、グラフ構造を扱えるようLAMPを改良し、有意な部分グラフを列挙するアルゴリズムgLAMPを開発した。gLAMPを用いてシロイヌナズナのGWAS解析を行った結果、開花時期の違いに有意に関わる3個のSNPsの相乗効果を検出した。本年度は、LAMPの高速化とGWAS解析への応用例を作ることで、LAMPがより様々な研究で用いられる可能性を高めることができた。
In this study, we compared the results of the statistical analysis of the factors in this study. In this study, we analyzed the statistical analysis of the factors in this study, such as face-to-face analysis, multiple stability analysis, low output expansion calculation, time improvement, unlimited number of multiple regression (Limitless Arity Multiple testing Procedure; LAMP), and the opening of the year 25. In this case, you need to use a lot of data, and the speed is not very high. It is not very easy to analyze the data. In this way, you can use a lot of data. First of all, we will explore the results of the same results of the LAMP test for the first time, and for the first time, we will try to improve the performance of the market. We will first explore the performance comparison of the LAMP, which is more than 100 times higher. High-speed, high-speed, high-speed, High-speed transmission, high-speed, large-scale, high-speed, high-speed, high-speed In one case, the disease and disease were diagnosed, and the LAMP was used in the same way. GWAS analysis, GWAS analysis, and the interaction between the two systems are analyzed. In order to improve the quality of the LAMP, it is intended that some of the gLAMP will be opened in the first place. GLAMP parses the results of the bank by using the monitoring GWAS, and the blooming time period is intended to verify the results of the 3 SNPs results. This year, LAMP will speed up the analysis of GWAS. This year, the use case will be used in the study of high-speed GWAS analysis, and LAMP will be used in the study of the possibility of high-speed development.
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Statistically significant subgraphs for genome-wide association study
全基因组关联研究的统计显着子图
- DOI:
- 发表时间:2014
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Jun Sese;Aika Terada;Yuki Saito;Koji Tsuda
- 通讯作者:Koji Tsuda
Statistical assessment in network-based GWAS analysis
基于网络的 GWAS 分析中的统计评估
- DOI:
- 发表时间:2014
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:滝澤 忍;Emmanuelle Remond;Fernando Arteaga-Arteaga;Jerome Bayardon;吉田 泰志;鈴木 通恭;Vellaisamy Sridharan;Sylvain Juge;笹井 宏明;斎藤有紀,寺田愛花,瀬々潤
- 通讯作者:斎藤有紀,寺田愛花,瀬々潤
Fast Westfall-Young permutation procedure for combinatorial regulation discovery
用于组合调节发现的快速 Westfall-Young 排列程序
- DOI:10.1109/bibm.2013.6732479
- 发表时间:2013
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Aika Terada ; Koji Tsuda ; Jun Sese
- 通讯作者:Jun Sese
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寺田 愛花其他文献
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オミクス層を越える相乗効果の発見に向けた無限次数多重検定法の高速化と高度化
加速并提高无限阶多重测试方法的复杂性,以发现组学层面之外的协同效应
- 批准号:
15J08487 - 财政年份:2015
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$ 1.47万 - 项目类别:
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24KJ1018 - 财政年份:2024
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24K19550 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 1.47万 - 项目类别:
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一项随机对照试验,探讨纳武单抗和放疗在多发性转移性肾癌中的协同作用
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24K02397 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 1.47万 - 项目类别:
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