Defining epistatic interactions among Coxiella burnetii effector proteins using a CRISPRi approach

使用 CRISPRi 方法定义伯氏柯克斯体效应蛋白之间的上位相互作用

基本信息

  • 批准号:
    10509592
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 25.13万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2022
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2022-06-01 至 2024-05-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

Project Summary/Abstract Coxiella burnetii is an obligate intracellular bacterial pathogen of mammals, and the causative agent of the zoonotic disease Q fever. Upon entry into mammalian cells, C. burnetii passively traffics through the endolysosomal pathway before directing the establishment of a spacious, lysosome-derived organelle called the Coxiella-containing vacuole (CCV) that allows bacterial replication. The process of CCV biogenesis and maturation is driven by the collective activity of the roughly 130 effector proteins that are translocated by the bacterial Dot/Icm type IVB secretion system into the host cell cytosol during infection. Despite several years of intense research, the cellular targets, biochemical activities, and functional relationships among each other remain unknown for most of the Dot/Icm effector proteins encoded by C. burnetii. Genetic manipulations in C. burnetii, such as the generation of targeted gene deletion mutants, have proven to be a challenging, lengthy, and highly inefficient undertaking. In this project we propose to develop an inducible and reversible CRISPR interference (CRISPRi) platform to efficiently silence C. burnetii effector gene expression during intracellular replication. In Aim 1, we will construct a comprehensive CRISPRi strain library targeting all genes that are predicted to encode C. burnetii Dot/Icm effector proteins, individually. This targeted approach will allow us to assess the contributions of individual effector proteins to vacuole biogenesis and intracellular replication. In Aim 2, we will leverage the powerful advantage of CRISPRi to simultaneously reduce the expression of multiple genes in the same strain. The goal is to begin teasing apart genetic interactions between effectors. We will express pairwise combinations of sgRNAs targeting a set of 17 effector genes that have previously been identified as important for CCV biogenesis and/or intracellular replication. Together, these aims will greatly enhance the toolkit available for studying virulence genes involved in C. burnetii intracellular replication and pathogenesis, and will start to shed light on epistatic relationships among effector proteins important for the formation of the vacuolar niche.
项目总结/摘要 贝氏柯克斯体(Coxiella burnetii)是哺乳动物的专性胞内细菌病原体,并且是贝氏柯克斯体的病原体。 人畜共患病Q热。进入哺乳动物细胞后,C.伯内特虫被动地通过 在指导建立一个宽敞的,溶酶体衍生的细胞器之前, 允许细菌复制的含柯克斯体的空泡(CCV)。CCV的生物发生过程和 成熟是由大约130种效应蛋白的集体活性驱动的,这些效应蛋白被细胞膜转位, 感染时,细菌Dot/Icm型IVB分泌系统进入宿主细胞胞浆。尽管几年来 紧张的研究,细胞靶点,生化活动,以及相互之间的功能关系 对于大多数由C.伯内特氏菌在C. Burnetii,如靶基因缺失突变体的产生,已经证明是一个具有挑战性的,漫长的, 而且效率极低在这个项目中,我们建议开发一种可诱导和可逆的CRISPR。 干扰(CRISPRi)平台,以有效地沉默C。细胞内贝氏效应基因表达 复制的在目标1中,我们将构建一个全面的CRISPRi菌株文库,靶向所有基因, 预测编码C。Burnetii Dot/Icm效应蛋白。这种有针对性的方法将使我们能够 评估单个效应蛋白对液泡生物发生和细胞内复制的贡献。在 目标2,我们将利用CRISPRi的强大优势,同时减少 在同一菌株中有多个基因。目标是开始梳理效应子之间的遗传相互作用。我们 将表达靶向一组17个效应基因的sgRNA的成对组合,这些效应基因先前已经被 被鉴定为对CCV生物发生和/或细胞内复制重要。这些目标将大大 增强了用于研究C.贝氏细胞内复制和 发病机制,并将开始阐明效应蛋白之间的上位关系,重要的是, 液泡龛的形成。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

Craig R. Roy其他文献

CRISPR-Cas9-based approaches for genetic analysis and epistatic interaction studies in emCoxiella burnetii/em
基于 CRISPR-Cas9 的方法用于伯氏柯克斯体的遗传分析和上位性相互作用研究
  • DOI:
    10.1128/msphere.00523-24
  • 发表时间:
    2024-11-26
  • 期刊:
  • 影响因子:
    3.100
  • 作者:
    Samuel Steiner;Craig R. Roy
  • 通讯作者:
    Craig R. Roy
Structure and function of Fic proteins
Fic 蛋白的结构和功能
  • DOI:
    10.1038/nrmicro3520
  • 发表时间:
    2015-08-24
  • 期刊:
  • 影响因子:
    103.300
  • 作者:
    Craig R. Roy;Jacqueline Cherfils
  • 通讯作者:
    Jacqueline Cherfils
Professional secrets
专业机密
  • DOI:
    10.1038/425351a
  • 发表时间:
    2003-09-25
  • 期刊:
  • 影响因子:
    48.500
  • 作者:
    Craig R. Roy
  • 通讯作者:
    Craig R. Roy
Type IV secretion systems drive lipid mixing during substrate exchange
  • DOI:
    10.1016/j.bpj.2023.11.3276
  • 发表时间:
    2024-02-08
  • 期刊:
  • 影响因子:
  • 作者:
    David Chetrit;Craig R. Roy;Erdem Karatekin
  • 通讯作者:
    Erdem Karatekin
Nitric oxide signaling through three receptors regulates virulence, biofilm formation, and phenotypic heterogeneity of emLegionella pneumophila/em
一氧化氮通过三种受体信号调节嗜肺军团菌的毒力、生物膜形成和表型异质性
  • DOI:
    10.1128/mbio.00710-24
  • 发表时间:
    2024-04-29
  • 期刊:
  • 影响因子:
    4.700
  • 作者:
    Sarah Michaelis;Tong Chen;Camille Schmid;Hubert Hilbi;Craig R. Roy
  • 通讯作者:
    Craig R. Roy

Craig R. Roy的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('Craig R. Roy', 18)}}的其他基金

Defining epistatic interactions among Coxiella burnetii effector proteins using a CRISPRi approach
使用 CRISPRi 方法定义伯氏柯克斯体效应蛋白之间的上位相互作用
  • 批准号:
    10629407
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
Genetic Analysis of Legionella Phagosome Trafficking
军团菌吞噬体贩运的遗传分析
  • 批准号:
    10213614
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
Genetic Analysis of Legionella Phagosome Trafficking
军团菌吞噬体贩运的遗传分析
  • 批准号:
    9982749
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
Rab protein functions that impact Coxiella intracellular replication
Rab 蛋白功能影响柯克斯体细胞内复制
  • 批准号:
    8970333
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
Biogenesis of the Coxiella-containing vacuole
含有柯克斯体的液泡的生物发生
  • 批准号:
    9206481
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
2013 Microbial Adhesion & Signal Transduction Gordon Research Conference
2013 微生物粘附
  • 批准号:
    8524412
  • 财政年份:
    2013
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
Deciphering ubiquitin-regulated host responses to the intracellular pathogen Legi
破译泛素调节的宿主对细胞内病原体 Legi 的反应
  • 批准号:
    8226935
  • 财政年份:
    2012
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
Deciphering ubiquitin-regulated host responses to the intracellular pathogen Legi
破译泛素调节的宿主对细胞内病原体 Legi 的反应
  • 批准号:
    8415836
  • 财政年份:
    2012
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
Pathogenic Mechanisms of Coxiella burnetti
伯内蒂柯克斯体的致病机制
  • 批准号:
    8302541
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
Modulation of Host Cell Function by Coxiella Burnetii
伯内氏柯克斯体对宿主细胞功能的调节
  • 批准号:
    8785490
  • 财政年份:
    2006
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:

相似海外基金

CAREER: Efficient Algorithms for Modern Computer Architecture
职业:现代计算机架构的高效算法
  • 批准号:
    2339310
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
    Continuing Grant
CAREER: Creating Tough, Sustainable Materials Using Fracture Size-Effects and Architecture
职业:利用断裂尺寸效应和架构创造坚韧、可持续的材料
  • 批准号:
    2339197
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Travel: Student Travel Support for the 51st International Symposium on Computer Architecture (ISCA)
旅行:第 51 届计算机体系结构国际研讨会 (ISCA) 的学生旅行支持
  • 批准号:
    2409279
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Understanding Architecture Hierarchy of Polymer Networks to Control Mechanical Responses
了解聚合物网络的架构层次结构以控制机械响应
  • 批准号:
    2419386
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
    Standard Grant
I-Corps: Highly Scalable Differential Power Processing Architecture
I-Corps:高度可扩展的差分电源处理架构
  • 批准号:
    2348571
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Collaborative Research: Merging Human Creativity with Computational Intelligence for the Design of Next Generation Responsive Architecture
协作研究:将人类创造力与计算智能相结合,设计下一代响应式架构
  • 批准号:
    2329759
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Hardware-aware Network Architecture Search under ML Training workloads
ML 训练工作负载下的硬件感知网络架构搜索
  • 批准号:
    2904511
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
    Studentship
The architecture and evolution of host control in a microbial symbiosis
微生物共生中宿主控制的结构和进化
  • 批准号:
    BB/X014657/1
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
    Research Grant
RACCTURK: Rock-cut Architecture and Christian Communities in Turkey, from Antiquity to 1923
RACCTURK:土耳其的岩石建筑和基督教社区,从古代到 1923 年
  • 批准号:
    EP/Y028120/1
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
    Fellowship
NSF Convergence Accelerator Track M: Bio-Inspired Surface Design for High Performance Mechanical Tracking Solar Collection Skins in Architecture
NSF Convergence Accelerator Track M:建筑中高性能机械跟踪太阳能收集表皮的仿生表面设计
  • 批准号:
    2344424
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 25.13万
  • 项目类别:
    Standard Grant
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了