Parallel profiling of mutants for chronological lifespan
按时间顺序对突变体进行平行分析
基本信息
- 批准号:1618819
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- 金额:--
- 依托单位:
- 依托单位国家:英国
- 项目类别:Studentship
- 财政年份:2015
- 资助国家:英国
- 起止时间:2015 至 无数据
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
Strategic Research Priority: World Class Underpinning BioscienceUnderstanding the main players involved in cellular senescence is key to uncovering the mechanisms required for the promotion of healthy ageing. Fission yeast and budding yeast are distantly related organisms, both of which are exceptional model organisms used for ageing studies. The two yeasts therefore offer complementary insights into the ageing research. In this project, we employ barcode sequencing to S. pombe genome-wide deletion library of nonessential genes, accounting for more than 80% of the genome, in order to aid the discovery of mutants with long and short lifespans under different environmental conditions. We anticipate further utilization of these mutants for drug screen experiments. The barcodes are a unique 20-nucleotide sequence that laterally spans the KanMX4 cassette, which is inserted in the region of each of the deleted gene, and thus, the barcodes act as molecular marks with direct quantitation of the mutants during chronological assays. The mutant counts is captured by PCR and highlighted in the sequencing data extrapolated from DNA libraries. Methods that direct the project include, but not limited to, the setting and optimization of the barcode sequencing technique, DNA library preparation, fluorescence microscopy for cellular imaging along with FACS analysis.
战略研究优先:世界级生物科学基础了解细胞衰老的主要参与者是揭示促进健康老龄化所需机制的关键。分裂酵母和萌芽酵母是远亲生物,都是用于衰老研究的特殊模式生物。因此,这两种酵母为老化研究提供了互补的见解。在本项目中,我们采用条形码测序的方法,对占全基因组80%以上的非必需基因文库进行条形码测序,以帮助发现在不同环境条件下寿命长和短的突变体。我们期待着进一步利用这些突变体进行药物筛选实验。条形码是横跨KanMX4盒的独特的20个核苷酸序列,它被插入到每个缺失基因的区域,因此,条形码作为分子标记在年代学分析中直接定量突变。突变计数通过聚合酶链式反应捕获,并在DNA文库外推的测序数据中突出显示。指导该项目的方法包括但不限于条形码测序技术的设置和优化、DNA文库的准备、用于细胞成像的荧光显微镜以及FACS分析。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
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