Mechnanism of transcript elongation control by RfaH

许多基因的聚合受到RNA聚合能力的限制p.o.ly_merasteo完全聚合最多 离子核，在一个主要的调节剂消失之前， 几种辅助旋转插入子允许RNA聚合酶克服这种限制， 成为“伸长-专业”。在这个建议的焦点，细菌蛋白质RnfaH， 伊萨几种发育和受精卵的调节因子，在那里它能显著增加基因的表达 我们已经证明RfaH结合到它的招募序列，ops，暴露在 在延伸过程中，RNA聚合酶的表面停留在一个opa位点上，在其重新募集后， 通过提高延伸率和抑制停顿来刺激转录的电流。 然而，RfaH只是适度地证实了这一点。他详细介绍了RfaH的作用机制， “抗终止剂，除了它与其他抗终止剂不同之外， 如_、N和LQ，它们对延长和终止都有深刻的影响 模式和RfaH对伸长的影响是独特的，因此！观察RfaH机制将有助于 对细菌和真核细胞中转录延长调节的一般理解， 其中RfaH同源物是指延伸控制和定位于活性转录位点。 在这个建议中，我们将使用生物化学，遗传学和生物药理学方法的组合， 本项目的第一个目标是阐明RfaH作用的血液分子机制 RfaH通过该机制影响其募集位点下游的数千个核苷酸。 需要回答的机制问题是RfaH是否与延伸的RNA多聚体擦除一起旅行， 引起RNA聚合酶的构象变化，使之产生明显的核裂变。 随后RfaH从复合物中解离。本项目的第二个目标是确定流umberi 这一机制是通过找出RfaH是否影响所有位点的转录，还是启动一个 这个项目的第三个目标是映射RfaH和 转录延长复合物，因此将Rt 'aH机制置于其结构中。 RfaH控制这些分泌分子的表达，细胞壁的组成，免疫学，刺激性 因此，建议的研究将 积极影响细菌学和进化的几个领域的研究，如合成 细胞质外成分、细菌感染、侧向球蛋白转移和病原体的出现。

ressionof many genes islimitedby theabilitoyf RNA p.o.ly_merasteo complete polymerizationof up to a ionnuclcotidesm,aking elongationto emerge next to initiatioans a major regulatorys_tepm gone . expression.Severalaccessory_rotointactorsthatallow RNA polymerase to overcome thisllmitatioannd become "elongation-proficienhtave been desc.n.'beTdh.e focusof thisproposal,thebactcfiatproteiRnfaH, isa regulatorof severalong virulenceand fertiliotpyerons,where itprcterentialliyncreasesme expression of distalgenes.We have demonstratedthatRfaH binds to itsrecruitmentsequence,ops,exposed on _e surfaceof theRNA polymerase paused atan opa siteduringelongation.Following itsrecruitmentR,f.aH stimulatestranscriptiodnownstream of an ops sitebyonhancing elongationrateand suppressingpausing. However, RfaH only modestly inhibittserminationT.he detailedmechanism of RfaH action,descnbcctas "antiterminationr'e,mains obscure exceptforthefactthatitisdifferent.frotmhoseof otherantiterminators such as _,Nand LQ, which have profound effectson both elongationand terminationB.oth therecruitment mode and theeffectof RfaH on elongationareunique,thus!nsightsintothe RfaH mechanism willcontribute to thegeneralunderstandingof theregulationof transcripetlongationin bacteriand alsoin eukary0tes, where RfaH homologs arcImplicatedm elongationcontrolandlocalizeto theactivelytranscribedsites. In thisproposal,we willuse a combinationof biochemical,genetic,and biophysicalapproachesto addressseveralaspectsof RfaH action.Thefirstgoal of thisprojectisto c_lucidatehemolecularmechanism by which RfaH affectselongationthousandsofnucleotidesdownstream of itsrecruitmentsite.The central mechanisticquestionto be answered iswhether RfaH travelswith the elongatingRNA polym.eraseor .itt causesa conformationalchange inthe RNA polymerase thatperslstsforthous.andsofnuclc.otldaeddison . stepsafterRfaH dissociatefsrom thecomplex. The second goal of thisprojectisto determineflow umversai isthismechanism by findin_out whetherRfaH affectstranscriptiosnimilarlayt allsitesor istargetedto a particulasretof regulatoryslgnals.The thirdgoal of thisprojectisto map inte_ctionsbetween RfaH and the transcriptioenlongationcomplex, thusplacingRt'aHmechanism in itstructuraclontext. RfaH controlstheexpressionof thesecretedmolecules,components of thecellwall,antibioticsv,irulence factors,and proteinsrequiredforthemobilizationof transmissiblpelasmids.Proposed studieswilltherefore positivelyimpact researchin severalareasof bacteriabliology and evolution,such as synthesisof extracytoplasmicomponents, bacteriavlindence,lateraglone transfera,nd emergence of pathogens.