New Algorithms for Detecting Sequence and Structure Simi

检测序列和结构模拟的新算法

基本信息

项目摘要

The project is divided into 3 subprojects: 1.Iterative automatic methods for refining multiple sequence alignment. Currently starting point of constructing CDD database is a multiple alignment imported form protein family models as SMART and PFAM. Since all known multiple sequence alignment algorithms are less than perfect the imported alignment have errors that are now removed by hand. The goal of the project is to provide reduce and simplify this manual work. 2.New approaches for detecting structural similarities. The goal of this subproject is to develop new approaches for fast detection of structural similarities that would complement currently used method (VAST). Thus particular attention is given to loop structure and developing of indexing methods. 3.Applications of methods based on sequence and structure similarities to study protein evolution (and co-evolution).
该项目分为三个子项目: 1.用于改进多序列比对的迭代自动方法。目前构建CDD数据库的出发点是从SMART和PFAM等蛋白质家族模型中引入的多重比对。由于所有已知的多序列比对算法都不太完美,因此导入的比对存在错误,现在可以手动删除。该项目的目标是减少和简化这种手工工作。 2.检测结构相似性的新方法。这个子项目的目标是开发新的方法来快速检测结构相似性,这将补充目前使用的方法(VAST)。因此,特别注意循环结构和索引方法的发展。 3.基于序列和结构相似性的方法在研究蛋白质进化(和协同进化)中的应用。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

Teresa M. Przytycka其他文献

Embedding gene sets in low-dimensional space
将基因集嵌入低维空间
  • DOI:
    10.1038/s42256-020-0204-3
  • 发表时间:
    2020-07-15
  • 期刊:
  • 影响因子:
    23.900
  • 作者:
    Jan Hoinka;Teresa M. Przytycka
  • 通讯作者:
    Teresa M. Przytycka
APOBEC affects tumor evolution and age at onset of lung cancer in smokers
APOBEC 影响吸烟者肺癌的肿瘤进化和发病年龄
  • DOI:
    10.1038/s41467-025-59923-8
  • 发表时间:
    2025-05-21
  • 期刊:
  • 影响因子:
    15.700
  • 作者:
    Tongwu Zhang;Jian Sang;Phuc H. Hoang;Wei Zhao;Jennifer Rosenbaum;Kofi Ennu Johnson;Leszek J. Klimczak;John McElderry;Alyssa Klein;Christopher Wirth;Erik N. Bergstrom;Marcos Díaz-Gay;Raviteja Vangara;Frank Colon-Matos;Amy Hutchinson;Scott M. Lawrence;Nathan Cole;Bin Zhu;Teresa M. Przytycka;Jianxin Shi;Neil E. Caporaso;Robert Homer;Angela C. Pesatori;Dario Consonni;Marcin Imielinski;Stephen J. Chanock;David C. Wedge;Dmitry A. Gordenin;Ludmil B. Alexandrov;Reuben S. Harris;Maria Teresa Landi
  • 通讯作者:
    Maria Teresa Landi
Stochastic modeling of single-cell gene expression adaptation reveals non-genomic contribution to evolution of tumor subclones
单细胞基因表达适应性的随机建模揭示了非基因组对肿瘤亚克隆进化的贡献
  • DOI:
    10.1016/j.cels.2024.11.013
  • 发表时间:
    2025-01-15
  • 期刊:
  • 影响因子:
    7.700
  • 作者:
    M.G. Hirsch;Soumitra Pal;Farid Rashidi Mehrabadi;Salem Malikic;Charli Gruen;Antonella Sassano;Eva Pérez-Guijarro;Glenn Merlino;S. Cenk Sahinalp;Erin K. Molloy;Chi-Ping Day;Teresa M. Przytycka
  • 通讯作者:
    Teresa M. Przytycka

Teresa M. Przytycka的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('Teresa M. Przytycka', 18)}}的其他基金

Graph theoretical approach to study molecular evolution
研究分子进化的图论方法
  • 批准号:
    7594476
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    --
  • 项目类别:
Graph theoretical approach to study molecular evolution
研究分子进化的图论方法
  • 批准号:
    7316285
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    --
  • 项目类别:
Graph theoretical approach to study molecular evolution
研究分子进化的图论方法
  • 批准号:
    7148176
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    --
  • 项目类别:
Graph theoretical approach to study molecular evolution
研究分子进化的图论方法
  • 批准号:
    6988489
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    --
  • 项目类别:
New Algorithms for Detecting Sequence and Structure Similarities
检测序列和结构相似性的新算法
  • 批准号:
    7594480
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    --
  • 项目类别:
New Algorithms for Detecting Sequence and Structure Simi
检测序列和结构模拟的新算法
  • 批准号:
    6828685
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    --
  • 项目类别:
New Algorithms for Detecting Sequence and Structure Simi
检测序列和结构模拟的新算法
  • 批准号:
    6988555
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    --
  • 项目类别:
New Algorithms for Detecting Sequence and Structure Simi
检测序列和结构模拟的新算法
  • 批准号:
    7316293
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    --
  • 项目类别:
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了