分子标记辅助育种需要高质量的遗传连锁图谱。目前关于黄鳝的遗传图谱未见报道，相应的高通量转录组数据也不足。本研究旨在通过高通量转录组研究获得大量SNP位点，并对这些位点进行连锁分析，以期构建SNP连锁图谱。为获得全同胞家系，我们使用一次性注射LRH-A5对亲鳝进行人工催熟。研究发现，LRH-A5的用量在0.25-0.5ug/g之间，能取得较好的催产效果。通过此法，构建了4个全同胞家系，每个家系70-90个体，然而后期饲养和病害原因，使得大量个体死亡，存活的每个家系仅40余条，这为图谱的构建造成了很大困难，为此我们试着用单精子基因组分析法来弥补这一缺陷，目前，单精子PCR扩增基因组正在进行。为获得转录组SNP数据，我们使用对不同组织RNA样本进行了转录组测序，获得了39470302个reads。从头组装后共获得unigenes 125263个，平均长度1.6kb。GO分析将黄鳝unigene划分为60个功能组，132695个unigenes归属于细胞组分，62886个unigenes归属于分子功能，204696个unigenes归属于生物学过程。KEGG分析共定位了316个具体的代谢途径分支。其中，涉及代谢途径的unigenes占9.78％；癌症unigenes占4.33%；MAPK信号通路unigenes占3.82%。转录组测序后分析，共获得SSR位点43867个，其中单碱基重复最多，占42.3%，之后是双碱基和三碱基重复，分别占28.7%和25.6%。SNP分析共获得397156个SNP位点，其中转换占68.18%，颠换占31.82%。.为获得更多的SNP和SSR位点，对全基因组进行了RDA测序， 共获得1853万条reads。MISA软件分析共获得27407个SSR位点。根据获得的SSR位点，设计了220对引物，对黄鳝基因组进行扩增，得到139对扩增良好的引物。对通过转录组测序和RDA测序获得的SNP位点设计引物，共设计了657个引物，其中322条引物可以扩增出单一条带。HMR分析展示了其在群体中良好的多态性。.此外，克隆了IRAK-4、NF-k-B、IL-1β、IRF等免疫相关基因，用嗜水气单胞菌感染黄鳝，确定感染前后相关基因的表达变化，这些基因大多在感染后大量表达，这与其发挥非特异性 免疫的机制是一致的。对于这些基因的作用机制研究目前正在进行。