2006年，云南玉龙鼠疫疫源地被发现。玉龙鼠疫菌与云南野鼠鼠疫菌的分离宿主与地点相同，而生化特性不尽相同；玉龙鼠疫菌与西藏旱獭鼠疫菌的生化特性相同，而分离宿主与地点不同；因此从生态分型上，找不到玉龙菌株合适的位置。要阐明玉龙鼠疫最终的分型位置，阐明其与毗邻疫源地鼠疫菌的关系，必须从分子生物学及遗传进化角度进行分析。本研究选择了玉龙鼠疫菌株、云南野鼠鼠疫菌株及云南家鼠鼠疫菌株共计160多株进行了脉冲场凝胶电泳（PFGE），多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA），规律成簇的间隔短回文重复（CRISPR）分析、多位点序列分析（MLST）、差异片段（DFR）的多态性分析及插入序列（IS）分析等分子分型及遗传进化分析。综合分析表明：玉龙鼠疫菌是云南一个独立的基因型，与青甘藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地菌株的基因组型相同；云南鼠疫菌的基因型与云南省鼠疫菌生态型以及自然疫源地的空间分布吻合较好，存在明显的地区聚集性，而与菌株的分离年代、宿主和传播媒介并没有直接的相关性；从遗传进化上看，玉龙鼠疫是由青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地传入的，而云南鼠疫起源于玉龙鼠疫，并扩散至剑川形成野鼠鼠疫，进行再传至滇西及滇南广大区域而形成云南家鼠型鼠疫。本研究得到了大量的数据，发现了一些特殊基因型菌株，培养了3名硕士研究生，多人晋升了职称，公开发表论文13篇。