项目基于粗粒化元胞自动机建立生物序列可视化分析模型和病毒动力学模型。此生物序列可视化分析模型的特点在于生成生物序列图像过程中碱基对应的点的状态是由此碱基和它前后所有碱基共同决定的。在此基础上将建立精确性分析框架下的基因序列扰动"放大"平台，设计一种新的基于微分流形的模式识别方法，提取生物序列特征。项目将基于此模型研究生物序列的自动分类技术，挖掘蛋白质序列的特征以及不同特征与亚细胞定位、三维结构以及蛋白质功能之间的关系。本项目还将用此可视化分析模型研究不同流行性病毒的起源和进化，研究不同元胞自动机运算规则所对应的基因调控规律。此模型具有发展成为一种新的基因分析和识别以及探讨基因调控规律的新方法。. 项目还将基于二维概率粗粒化元胞自动机对病毒动力学进行研究，考虑时空特性在病毒感染的发展和爆发中起到的重要特性，模拟不同药物作用下的治疗效果定量研究。这种概念模型对指导新药设计具有应用前景。