项目通过引入WSR/TOP方法论提出了综合反映复杂评价与决策问题内在“物理(W)”、“事理(S)”、“人理(R)”非线性关系及其融合协调的全新层次分析方法(即交替式非线性变权层次分析法)，并为推广研究得出的新方法在实际复杂评价与决策问题中的应用。项目的计划要点为：基于WSR和TOP系统思维整合的SROP分析矩阵的构建；基于WSR/TOP思维整合的交替式非线性变权层次分析核心理论；交替式非线性变权层次分析结构和相应的评价与决策信息提取模式研究；交替式非线性变权层次分析支撑模型(方法)研究；理论方法的反馈修正研究与实证应用研究。对应计划项目组分别得出了如下研究成果。其一，在整合发展WSR和TOP现有理论观点的SROP思维分析矩阵及相应的战略决策分析框架。其二，低层次系统向上一层次系统进化的非线性机理(W)，决策主体在风险态度上的行为变权机理(S)，决策主体因愿景不同而产生的价值判断行为变权机理(S)，反映高层决策主体目标管理策略的协调变权机理(S)，不同层次决策主体之间的决策协调控制变权机理(R)，体现变权机理的变权层次分析法和克服现行AHP结构关系表达片面、不清晰等缺陷的尖锥网络分析方法。其三，关于决策主体偏好选择判断的信息表达方式与信息提取的基元前景交叉判断矩阵及基元前景价值模型；揭示各种变权机理的系统结构要素的决策信息提取双平台；上层因素对应的决策主体对下层因素对应的决策主体自主选择行为的控制信息提取模式(决策控制权判断)和高层决策主体进行多目标探索协调的信息提取模式。其四，系列交替式非线性变权层次分析支撑方法，包括：多属性隐式变权决策分析方法，多属性相对变权决策分析方法，基于双平台协调的两层群决策方法，两层群决策的双平台学习与协调模型，不确定环境下的两层交互式有限理性决策方法，基于和谐思想的交互式多属性群决策方法，反映最高层决策主体目标管理策略的Pareto最优方案选择排序模型即基于DEA理论的ANP/BOCR方案评价值综合集成新方法。其五，反映交替式非线性变权层次分析的基本流程和评价决策步骤的隐含式变权层次分析方法和相对变权层次分析方法，以及关于实证应用研究的重大科技项目合作界面网络的整合优化方法、重大科技项目的关键合作界面识别等应用研究成果。