芝麻是我国主要油料作物之一，茎点枯病是我国芝麻产区普遍发生、危害最重的病害，一直以来抗病育种未能取得突破性进展，抗性的深入研究也比较薄弱，相关基因分析及分子标记研究尚属空白。本研究利用79对EST-SSR、SRAP和AFLP引物对216份芝麻核心种质进行了基因组扫描，扩增获得608条多态性条带，并于2009—2011年连续3年对供试群体抗病性进行鉴定，在此基础上采用标记-性状关联分析法进行芝麻茎点枯病抗性相关基因定位。遗传结构分析表明该群体由2个亚群组成，利用GLM（Q）和MLM（Q+K）模型通过关联分析共检测到43个标记同时与供试群体两年或三年茎点枯病病情指数（DI）显著关联，对表型变异解释率在1.82%—9.46%，两种模型检测到的相同标记有3个，其中1个SRAP标记M7E6-1连续三年均能被2种模型检测到，GLM（Q）模型2010年和2011年重复检测到显著关联的2个SSR标记（SSR023-2和SSR012-1），其符合率分别达到了80%和100%，并在抗/感茎点枯病F2分离群体中得到验证，二者有可能成为有效的抗病材料选择标记。本研究还优选出10份对茎点枯病抗性稳定的载体材料，43个关联标记在10份载体材料中的符合率变化于60%—100%，平均符合率92.09%。研究结果将为芝麻抗病材料的分子辅助选择、茎点枯病抗性QTL精细定位、相关基因分离等后续研究及实现芝麻抗性遗传改良的有效突破奠定基础。