植物种质资源研究的重要内容之一就是发掘优异的等位基因变异，而关联分析是近几年才兴起的新的植物复杂性状作图方式，它同传统的连锁分析互为补充，将植物表型性状同基因等位变异联系起来，逐渐成为发掘新等位基因的有效手段。本研究拟在连续两年、多点对品质性状（蛋白质、淀粉、总黄酮、β-葡聚糖、维生素E）、逆境耐受性状（耐寒、抗旱）和产量农艺性状（千粒重、穗粒数、有效分蘖数和生育期）鉴定的基础上，利用SSR标记对来自各大青稞种植区的346份青稞近缘野生种、地方品种和育成品种进行全基因组高密度扫描，搜寻发生选择牵连效应的"V"字形选择谷，进行标记/性状关联作图分析，找到控制上述重要性状的基因组区段；结合已有的比较基因组学和大麦QTL作图结果，实现品质性状、逆境耐受性状和产量农艺性状控制基因在染色体上的精细定位，为下一步开展青稞重要基因图位克隆和分子标记辅助育种工作奠定前期研究基础。