黄瓜miRNA的预测、鉴定及其在性别分化中的功能研究
结题报告
批准号:
31070256
项目类别:
面上项目
资助金额:
29.0 万元
负责人:
李广林
依托单位:
学科分类:
C0207.植物生殖与发育
结题年份:
2013
批准年份:
2010
项目状态:
已结题
项目参与者:
陈浩、刘君、崔鸿文、宋婕、王振晔、梁永宏
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中文摘要
许多植物的miRNA与花发育的调控有关,并且在玉米中发现miRNA与玉米单性花的性别决定有关。而黄瓜作为研究植物性别分化的一种模式植物,目前国内外对于miRNA是否调控黄瓜性别分化的问题还没有答案。本项目我们首先使用黄瓜基因组数据,利用生物信息学手段从DNA序列和RNA结构上预测黄瓜中的候选miRNA,之后利用Northern和定量PCR等技术对这些候选的miRNA在转录水平进行验证和表达差异分析,从而在黄瓜中进行miRNA的系统性鉴定和性别分化相关miRNA的筛选;然后对我们新发现的miRNA进行靶标预测和验证,并整合GO和KEGG等功能基因组学数据分析其调控作用;再后利用比较基因组学,分析miRNA的进化与功能保守性,最终提出黄瓜miRNA在性别分化中的功能。该项目的科学意义在于:黄瓜miRNA的系统性识别和验证,为今后深入研究黄瓜miRNA在性别分化中的功能,打下了良好的基础。
英文摘要
许多植物miRNA 与花发育的调控有关,并且在玉米中发现 miRNA 与玉米单性花的性别决定有关。而黄瓜作为研究植物性别分化的一种模式植物,目前国内外对于 miRNA是否调控黄瓜性别分化的问题还没有答案。本项目我们首先使用黄瓜基因组数据,利用生物信息学手段从 DNA 序列和 RNA 结构上得到252条黄瓜miRNA;之后利用RNA-seq和定量PCR 等技术对这些候选miRNA 在转录水平进行验证和表达差异分析,并得到32条与黄瓜性别分化相关的 miRNA; 靶标分析结果表明,这些miRNA的靶标广泛参与黄瓜的花发育过程;黄瓜miRNA的进化分析结果表明,miRNA的进化主要受到净化选择作用。黄瓜性别分化相关miRNA的鉴定,为今后深入研究黄瓜 miRNA 在性别分化中的功能和进化打下了良好的基础。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
DOI:--
发表时间:2011
期刊:西北植物学报
影响因子:--
作者:郭韬;李广林;魏强;梁永宏
通讯作者:梁永宏
DOI:--
发表时间:--
期刊:遗传
影响因子:--
作者:魏强;梁永宏;李广林
通讯作者:李广林
环状RNA circ-PEN1通过编码蛋白PEN1-257aa调控拟南芥防御反应的机制研究
  • 批准号:
    32370297
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    50.00万元
  • 批准年份:
    2023
  • 负责人:
    李广林
  • 依托单位:
江南卷柏miRNA和circRNA的识别及其在萜类合成中的调控网络解析
  • 批准号:
    31770333
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    60.0万元
  • 批准年份:
    2017
  • 负责人:
    李广林
  • 依托单位:
植物新型萜类合成酶基因的功能和进化
  • 批准号:
    31370329
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    78.0万元
  • 批准年份:
    2013
  • 负责人:
    李广林
  • 依托单位:
国内基金
海外基金