世界上广为栽培的陆地棉为四倍体种，共有26对同源染色体，但其部分染色体序号并未确定，从而阻碍了棉花分子生物学的发展。在棉花远缘杂交和细胞遗传学的研究中，如何快速有效地鉴定出外源染色体片段和易位发生的准确位置是一个非常具有现实意义的问题。由于棉花缺少整套的如单体、端体等非整倍体材料，常常使该项研究变得十分困难。本项目通过DNA分子克隆技术，分别从亚洲棉和雷蒙地棉中分离出A、D基因组特异的高度重复序列，经荧光原位杂交（FISH）分析，筛选出能鉴别陆地棉26对同源染色体的高度串联重复序列，并建立陆地棉染色体的分子指纹图谱，从而可对陆地棉易位片段进行准确定位，为陆地棉物理作图提供参考点，同时也为研究四倍体棉种的起源和演化提供依据。