在鱼类养殖过程中常常由于低氧而导致鱼类的大面积死亡，对水产业造成巨大的经济损失，而低氧诱导因子HIF-1α在机体发育及低氧反应中起着极其重要的作用。本研究通过构建斑马鱼HIF-1α基因的shRNA载体，获得了稳定、高效地抑制HIF-1α表达的shRNA干扰载体；然后利用lllumina HiSeq 2000高通量测序技术获得了HIF-1α干扰前后，以及低氧处理后差异表达的基因转录谱，并对其进行了生物信息学分析。结果显示低氧及抑制HIF-1α后不仅会影响代谢、细胞周期及p53信号等通路，也会导致参与DNA修复、RNA降解、错配修复以及剪接体等通路的基因表达发生改变。而GO分析的结果显示低氧及抑制HIF-1a的表达也都会导致参与oxidation reduction、DNA代谢、细胞周期以及对外界刺激的反应等生物学过程的基因发生改变；同时低氧及复氧处理耐氧程度不同的幼鱼，结果显示在相同的低氧条件下，HIF-1α的表达变化不同，本研究结果不仅有助于研究低氧对鱼类发育及应激反应的分子调控机制，还可为人类一些疾病的发生机制及治疗提供理论依据。