在经济全球化的进程中，只有创新能力强的国家才真正拥有参与全球竞争并制定相关游戏规则的主动权。高技术产业创新能力是一国创新能力的集中体现，是提升国家竞争优势的重要推动力。但高技术创新，往往投资成本大、风险高，需要知识产权充分而有效的保护。但发展中国家适用超越自身经济发展水平的知识产权制度，却可能阻碍其国内技术创新。加入WTO后，我国知识产权保护要全面履行TRIPS协定所规定的各项义务。本研究从实施TRIPS协定后跨国公司在华的知识产权战略及其运用入手，在对我国知识产权制度变迁过程中,知识产权保护、技术创新和市场结构变化三者互动关系进行实证分析的基础上，构建知识产权更强保护对跨国公司在华知识产权战略，进而我国高技术产业技术创新影响的理论分析框架，并在此基础上，提出缓解TRIPS协定实施所带来不利影响，并加快创新能力培育的政策建议。