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环境致癌中基因组水平非编码序列表遗传修饰图谱的构建及特征功能分析
结题报告
批准号:
81773385
项目类别:
面上项目
资助金额:
50.0 万元
负责人:
杨巧媛
依托单位:
学科分类:
H3001.环境卫生
结题年份:
2021
批准年份:
2017
项目状态:
已结题
项目参与者:
孙健、徐恩五、韩志远、李岩强、胡伟民、杨倜、余萱蔚、刘安飞、李梦承
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中文摘要
非编码RNA(ncRNA)转录于基因组非编码区,是一类活跃的环境应答基因,从ncRNA基因水平探索ncRNA上游调控机制是申请人长期致力的研究方向。本课题组前期主要关注ncRNA基因突变的遗传调控机制,研究结果提示甲基化等表遗传修饰可能是调控环境致癌中ncRNA异常表达的另一重要途径。本研究以代表性环境致癌物NNK染毒建立恶性转化细胞模型,联合全基因组DNA甲基化测序、ncRNA测序及启动子甲基化芯片等高通量技术,筛选环境特异性非编码序列,在基因组水平建立环境特异性非编码序列甲基化和乙酰化等表遗传修饰图谱;预测功能性位点,体外构建甲基化和去甲基化细胞模型,从细胞和人群水平定量分析表遗传修饰对非编码序列转录水平和对肺癌发生发展的影响;结合前期研究,分析环境致癌中基因组编码区遗传突变和表遗传修饰全貌,寻找并明确重点调控位点的功能,为环境致癌分子机制研究和暴露效应靶点的寻找开辟新的领域。
英文摘要
The molecular mechanism of lung cancer induced by exogenous environmental carcinogen is the research focus in lung cancer etiology and environmental medicine. As a kind of active environmental response gene, many non-coding RNAs(ncRNA) are regulated by environmental carcinogens and play an important role in environmental carcinogenesis. However, there is not enough attention on the molecular mechanism  of ncRNA disregulation induced by environmental carcinogens. In our present study, we use a NNK-induced malignant transformated normal human bronchial epithelial cells as a model and establish the environmental specific ncRNA database. We plan to examine the methylation level of ncRNA gene by MeDIP sequencing and ncRNA promoters methylation array. Then, the methylated and demethylated cell models will be constructed in our study to quantitative analyse the the impact of methylation modification on ncRNA expression and lung cancer carcinogenesis. We will verify our results of in vitro experiments in lung cancer population. A comprehensive map of genetic and epigenetic regulatory database on ncRNA will be bulit in combination with our previous research. It will provide important resources and experimental basement to further clarify the role of ncRNA in environmental carcinogenesis.
非编码RNA(ncRNA)是一类活跃的环境应答基因,甲基化修饰是其重要的上游调控模式。本项目以代表性环境致癌物NNK染毒人正常肺支气管上皮细胞,建立恶性转化细胞模型;联合全基因组DNA甲基化测序、ncRNA测序及启动子甲基化芯片等高通量技术,在基因组水平建立了环境特异性非编码序列甲基化表遗传修饰图谱;筛选出环境特异性非编码RNA lncRNA AC007255.8,分析了甲基化修饰水平对lncRNA AC007255.8转录表达水平和对肺癌发生发展的影响,并在肺癌人群中进行了初步验证,从细胞和人群水平定量分析表遗传修饰对非编码序列转录水平和对肺癌发生发展的影响,为环境致癌分子机制研究和暴露效应靶点的寻找开辟新的领域。项目项目经费使用合理,按期完成项目计划书的研究目标和研究任务,研究结果已发表中英文论文7篇,其中SCI收录英文5篇,中文核心期刊2篇,培养硕士研究生4人,申请发明专利1项,作为第二完成人获得省部级科技奖励2项,目前尚有部分研究结果在投稿中。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
A genome-wide screen for differentially methylated long noncoding RNAs identified that lncAC007255.8 is regulated by promoter DNA methylation in Beas-2B cells malignantly transformed by NNK
对差异甲基化长非编码 RNA 的全基因组筛选发现,在 NNK 恶性转化的 Beas-2B 细胞中,lncAC007255.8 受到启动子 DNA 甲基化的调节
DOI:10.1016/j.toxlet.2021.04.013
发表时间:2021-04-28
期刊:TOXICOLOGY LETTERS
影响因子:3.5
作者:Chen, Enzhao;Zhou, Jiaxin;Yang, Qiaoyuan
通讯作者:Yang, Qiaoyuan
Fine particulate matter exposure induces DNA damage by downregulating Rad51 expression in human bronchial epithelial Beas-2B cells in vitro
体外细颗粒物暴露通过下调人支气管上皮 Beas-2B 细胞 Rad51 表达诱导 DNA 损伤
DOI:10.1016/j.tox.2020.152581
发表时间:2020
期刊:Toxicology
影响因子:4.5
作者:Jiayu Liu;Jiaxin Zhou;Jiazhen Zhou;Mengcheng Li;Enzhao Chen;Guanqing Jiang;Yuyang Chen;Jianjun Wu;Qiaoyuan Yang
通讯作者:Qiaoyuan Yang
Identification of SRXN1 and KRT6A as Key Genes in Smoking-Related Non-Small-Cell Lung Cancer Through Bioinformatics and Functional Analyses.
通过生物信息学和功能分析鉴定 SRXN1 和 KRT6A 作为吸烟相关非小细胞肺癌的关键基因
DOI:10.3389/fonc.2021.810301
发表时间:2021
期刊:Frontiers in oncology
影响因子:4.7
作者:Zhou J;Jiang G;Xu E;Zhou J;Liu L;Yang Q
通讯作者:Yang Q
DOI:--
发表时间:--
期刊:中华医学遗传学杂志
影响因子:--
作者:梁琳琳;麦艾;周家圳;徐恩五;王进;杨巧媛
通讯作者:杨巧媛
DOI:--
发表时间:--
期刊:中华肿瘤杂志
影响因子:--
作者:余萱蔚;周家圳;徐恩五;刘嘉禹;李梦承;吴建军;杨巧媛
通讯作者:杨巧媛
环状RNA hsa_circ_0000043 m6A甲基化修饰在非小细胞肺癌发生发展中的调控作用及机制
  • 批准号:
    n/a
  • 项目类别:
    省市级项目
  • 资助金额:
    10.0万元
  • 批准年份:
    2022
  • 负责人:
    杨巧媛
  • 依托单位:
基于表观遗传调控机制的大气细颗粒物致癌效应的评价与预测
  • 批准号:
    --
  • 项目类别:
    省市级项目
  • 资助金额:
    10.0万元
  • 批准年份:
    2019
  • 负责人:
    杨巧媛
  • 依托单位:
烟草致癌物NNK诱发长链非编码RNA基因突变在肺癌发生中的作用
  • 批准号:
    81472937
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    75.0万元
  • 批准年份:
    2014
  • 负责人:
    杨巧媛
  • 依托单位:
环境致癌物诱发miRNA基因突变位点的寻找及其对肺癌发生的影响
  • 批准号:
    81102099
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    23.0万元
  • 批准年份:
    2011
  • 负责人:
    杨巧媛
  • 依托单位:
国内基金
海外基金