国家治理太湖十余年，花费了大量的人力、物力、财力，却在2007年爆发了有史以来最严重的蓝藻危害。太湖流域的污染状况久治不愈、情势危急，最关键的因素是条块分割、"多头治水"、缺乏完善的流域管理体系；同时，太湖流域治污工作长期以工业污染为主要对象，对农业面源污染相对忽视，也是导致这一现象的重要原因。本研究立足于流域管理视角，借鉴国内外水域污染防治经验，分以下六个研究内容：第一，研究太湖流域面源污染的结构和分布，从整体上把握太湖流域面源污染的历史、现状和特征，并对相关影响因素进行分析；第二，流域面源污染治理的国际经验和国内经验研究及借鉴；第三，利用情景模拟优化方法研究农业面源污染总量控制下的太湖流域农业生产结构调整与空间结构优化；第四，利用情景模拟优化方法研究太湖流域农业面源污染防控土地利用方式与产业组织设计；第五，太湖流域环境管理生态补偿机制设计；第六，提出防治太湖流域面源污染的政策建议。