丁颖院士自上世纪二、三十年代以来收集的7120份稻种资源是我国水稻育种的珍贵资源。利用连锁不平衡分析和构建核心种质相结合的方法是一条高效发掘和利用这批稻种资源群体中的优异基因的途径之一。本研究在构建了150份水稻核心种质的基础上，采用280个左右的SSR和SNP标记，对全基因组进行扫描，获得水稻核心种质群体的连锁不平衡结构。然后对分子标记的连锁不平衡与水稻核心种质群体的产量性状作关联分析，鉴定与产量性状紧密连锁的标记和优异的产量性状基因，并从原群体中筛选获得一批携带有利基因或QTL的育种材料。为进一步对这些优异基因进行精细定位、克隆和和分子标记辅助选择，以及为我国水稻育种提供一批遗传基础广泛的种质资源提供理论基础。