南海科学考察航次包括两个独立的分航次：多学科综合航次和地质地球物理航次。我们计划用中科院南海海洋研究所"实验3"科考船执行多学科综合航次，用"实验2"号科考船执行地质地球物理航次。多学科综合航次主要调查研究南海海洋环境科学问题，了解和探索全球变化背景下南海区域海洋动力、环境与生态过程的区域响应，以及自然与人类活动对南海生态系统影响的能力，为南海经济与社会的协调、可持续发展与决策提供科学依据。地质地球物理航次主要调查研究南海北部陆缘的地壳结构特征，确定该区强地震活动特征和区域地壳稳定性，调查南海北部的油气资源（天然气水合物）分布状况。通过南海科学考察航次共同探索南海海上观测平台共享机制，加强海洋现场数据的长期积累，促进海洋科学研究多学科交叉与融合，推动重大成果产出，为我国科学家研究南海海洋环境与资源、解决需要长期观测的重大科学问题等提供现场试验和观测场所。