课题基金 / 基金详情

基于串线的3-维蛋白结构预测的新技术研究

批准号：
60873207
项目类别：
面上项目
资助金额：
35.0 万元
负责人：
李国君
依托单位：
山东大学
学科分类：
生物信息计算与数字健康
结题年份：
2011
批准年份：
2008
项目状态：
已结题
项目参与者：
胡成全、亓兴勤、陈勇、康海燕、张海燕、马勤、刘炳强、丛亮、张艳
关键词：
侧连串线算法3-维蛋白结构预测

项目摘要

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项目成果

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中文摘要
本项目计划研制一种新的基于串线技术的3-维蛋白结构预测的计算方案。传统的基于串线的蛋白结构计算技术只能利用碱基(residue)水平的信息，而忽略了原子（侧连）水平的信息。虽然在过去的十年里基于碱基水平的结构预测在计算方面取得了较大进步，但在预测精度方面给我们提出了新的挑战。为了跟上结构和功能基因组研究的快速发展，迫切需要新的更高精度的结构预测技术。为此，我们正在研究一种新的串线技术以充分利用原子水平的信息来提高预测精度，最终实现碱基和侧连同时地被准确定位。着重考虑如下几个方面：1、研究适合碱基和侧连同时定位的更有效的能量函数；2、研究新的计算策略以最小化上述能量函数，并实现碱基和侧连同时定位，即确定被测氨基酸序列和蛋白结构平台间的最优有序配对，以及每个碱基的侧连和平台可达构型位置间的最优定位；3、评估新的能量函数和算法来证实侧连在结构预测中的有威力；4、设计编辑软件，搭建网络服务平台。
英文摘要
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A polynomial time approximation scheme for embedding hypergraph in a weighted cycle
DOI： 10.1016/j.tcs.2011.08.014
发表时间： 2010-08
期刊： Theor. Comput. Sci.
影响因子： --
作者： [Chaoxia Yang;Guojun Li]
通讯作者： Chaoxia Yang;Guojun Li
基于图与组合优化的生物数据和网络数据挖掘算法研究
  • 批准号：
    11931008
  • 项目类别：
    重点项目
  • 资助金额：
    270.0万元
  • 批准年份：
    2019
  • 负责人：
    李国君
  • 依托单位：
    山东大学
基于de bruijn graph梳理的宏基因组拼接算法开发
  • 批准号：
    61771009
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    50.0万元
  • 批准年份：
    2017
  • 负责人：
    李国君
  • 依托单位：
    山东大学
癌症基因组中关键驱动突变信号通路的理论问题研究及算法设计
  • 批准号：
    31571354
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    25.0万元
  • 批准年份：
    2015
  • 负责人：
    李国君
  • 依托单位：
    山东大学
基于高通量RNA-seq数据转录组拼接的关键技术与算法研究
  • 批准号：
    61432010
  • 项目类别：
    重点项目
  • 资助金额：
    280.0万元
  • 批准年份：
    2014
  • 负责人：
    李国君
  • 依托单位：
    山东大学
国内基金
海外基金