基于黄山梅叶绿体cpDNA序列变异数据，分析黄山梅群体叶绿体单倍型的地理分布规律及单倍型系统发育关系；通过与外类群序列比较，确定古老单倍型及其分布地；进行网状支系分析（NCA），推测不同支系曾经历的历史事件；最后，结合古地理、古植被生态、古气候变迁资料，揭示孑遗植物黄山梅现代地理分布格局的形成原因。应用AFLP分析方法对黄山梅群体遗传变异状况进行研究，结合cpDNA序列数据，查明黄山梅群体遗传变异的时空格局，并剖析历史因素、岛屿地理隔离、居群面积等对黄山梅居群遗传结构的影响，阐明遗传变异和分化的影响因子。根据cpDNA及AFLP标记数据，计算不同居群对整个物种遗传多样性和等位基因丰富度的遗传贡献率，确定优先保护种群，提出科学的保护策略。本研究也为其它中国、日本和韩国间断分布濒危种的亲缘地理和保护遗传学研究提供方法指导。