基于基因组注释和MELK技术数据的生物分子网络及其功能模块的构建和识别比对的计算研究
批准号:
10701070
项目类别:
青年科学基金项目
资助金额:
18.0 万元
负责人:
董骝焕
依托单位:
学科分类:
生物与生命科学中的数学
结题年份:
2010
批准年份:
2007
项目状态:
已结题
项目参与者:
Andreas Dress、李防震、stefan grunewald、axel mosig、徐书华、袁媛
中文摘要
分子网络及其识别和比对的研究是目前的新兴研究热点。它表现了整个生物细胞的分子活动的主要结构。分子网络及其子模块的构建,识别和比对在预测基因组结构,蛋白功能和相互作用方面有重要运用。新兴技术MELK可以提取蛋白质等分子团在特定时刻和特定细胞中的空间分布与该细胞的功能状态之间存在的多层面的和高度特异性的关系,从而把细胞中的分子事件和拓扑结构与相对应的显型直接联系起来。我们期望通过对基因组注释数据(GO,KEGG),序列数据和MELK拓扑数据的整合,利用图论,统计分析,数据挖掘和规划优化的相关原理和方法完成一套生物分子网络的构建,子模块的识别比较和不同网络间比较的方法和算法,并形成相应的软件实现。通过本课题可以深入了解生命的分子机制,为生命运转机制的最终解密做出重要的探索,并为新药研发和疾病发病机制的探索提供新的研究工具,从而提高药物的筛选命中率,降低研发成本。
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DOI:
--
发表时间:
--
期刊:
Acta Biophys Sin
影响因子:
--
作者:
[董骝焕]
通讯作者:
董骝焕
FastCluster: a graph theory based algorithm for removing redundant sequences
FastCluster:一种基于图论的冗余序列去除算法
DOI:
10.4236/jbise.2009.28090
发表时间:
2009-12
期刊:
J. Biomedical Science and Engineering
影响因子:
--
作者:
[董骝焕]
通讯作者:
董骝焕
Analysis on the reconstruction accuracy of the Fitch method for inferring ancestral states.
Fitch法推断祖先状态的重构精度分析
DOI:
10.1186/1471-2105-12-18
发表时间:
2011-01-13
期刊:
BMC bioinformatics
影响因子:
3
作者:
[Yang J, Li J, Dong L, Grünewald S]
通讯作者:
Grünewald S
Performance assessment of protein multiple sequence alignment algorithms based on permutation similarity measurement.
基于排列相似性测量的蛋白质多序列比对算法的性能评估。
DOI:
10.1016/j.bbrc.2010.07.103
发表时间:
2010
期刊:
Biochemical and biophysical research communications
影响因子:
3.1
作者:
[Zhi Gong, Fang, Liuhuan Dong]
通讯作者:
Liuhuan Dong
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