HCV体内自然基因重组是两种基因型（亚型）间发生基因片段的互换，形成新的一株病毒，它是基因进化演变的一种形式，不仅使病毒发生免疫逃逸，致宿主长期慢性感染，导致多重耐药，且给疫苗研制增添困难。故研究HCV基因重组意义重大。但因一次性扩增长片段HCV RNA十分困难，制约了该研究的深入。本项目在自主构建的一次性扩增HCV全基因组方法的基础上，拟以我国西南地区HCV感染者（主要为静脉药瘾者）为对象，分别以C/E1及NS5b区基因序列进行基因分型，筛选出C/E1及NS5b两区基因型（亚型）存在差异或混合基因型（亚型）的血清标本，前者以RT-nested-PCR扩增HCV全基因组，克隆PCR产物，测序，获得HCV RNA全序列，SimPlot分析，寻找重组位点；后者通过对感染者随访，及时发现基因重组。最终探明我国HCV体内基因重组的位点、发生频率及规律，为HCV疫苗研制及阻止多重耐药的发生提供策略。