本项目对1998-2010年16个H9N2亚型禽流感病毒代表株的全基因组进行了测序及遗传进化分析。鉴定了7个基因型，其中4种为新发现的基因型。明确了2008-2010年我国家禽中流行H9N2亚型AIV的主要基因型。结合临床发病及本动物感染试验发现：H9N2病毒在进化过程中，致病力发生了一定的变化，2008-2010年流行的H9N2病毒对鸡致病力显著增强。小鼠致病性研究显示，总体上来看不同基因型代表毒株对小鼠表现出了不同的适应能力。2008-2010年主要流行的基因型毒株对小鼠致病力较弱，而早期1998分离毒株对小鼠具有一定适应性。分子致病机制研究显示：重配有H5N1-like NP和PA基因的H9N2病毒株在小鼠体内的复制力和对小鼠的致病力增强；PB2 627位E到K的变化，是导致H9N2病毒对小鼠的致病力显著提高的关键氨基酸位点；同时研究发现H9N2病毒对小鼠的致病力与感染后宿主靶器官肺脏的细胞因子和IFITM的表达水平显正相关。提示宿主细胞因子和IFITM的表达在H9N2亚型AIV感染哺乳动物的过程中发挥重要作用。研究发现：H9N2病毒对H7N9病毒的形成具有重要基因贡献作用，H7N9病毒的内部基因均来自H9N2病毒；H9N2来源的PB2、M和NP基因是H7N9病毒感染致病哺乳动物的毒力基因。其中PB2 627位E到K的突变是H7N9病毒感染致病哺乳动物的重要因素之一。同时鉴定了A型流感病毒M1蛋白132位的酪氨酸磷酸化位点。该位点在A型流感病毒中具有良好的保守性，其控制着M1蛋白的入核，从而影响病毒的复制。但是，该位点磷酸化在H9N2亚型AIV和H1N1亚型中的调控机制不同。提示：禽H9N2病毒的复制、感染特性和致病机制不同于人H1N1病毒。综合本项目研究结果显示：H9N2病毒的流行和传播具有重要的公共卫生学意义。其本身不仅会进化出对哺乳动物具有致病力的病毒株，同时对感染人的H7N9等亚型病毒具有重要的基因贡献作用；H9N2病毒PB2 E627K突变位点是AIV跨种间感染哺乳动物的重要分子标记。