许氏平鲉和褐菖鲉为西北太平洋两种重要的卵胎生海洋经济鱼类。本研究采用mtDNA控制区序列、AFLP和微卫星DNA等分子标记，结合可数性状、可量性状、耳石形状指标及傅里叶方法等多变量分析方法，系统研究了许氏平鲉和褐菖鲉的遗传多样性、群体遗传结构及其地理分布格局，探讨了这两种恋礁性卵胎生鱼类的种群历史演化过程及其对气候变化和环境变迁的响应机制。研究结果表明：（1）许氏平鲉和褐菖鲉两种卵胎生鱼类的遗传多样性要普遍高于其他海洋鱼类。（2）许氏平鲉各群体在形态学、耳石形态学、mtDNA控制区序列、AFLP及微卫星标记上不具有谱系结构，群体间不存在遗传分化；褐菖鲉中日群体间在形态学和耳石形态学特征上存在差异，但在mtDNA控制区序列、AFLP以及微卫星标记上不存在遗传分化，显示群体间基因交流频繁；两种卵胎生鱼类的系统地理格局属于第三类地理分布模式：系统发育上连续的类群，在空间上的分布也是连续的；海洋环境的影响、自身的生活史特征以及更新世气候周期性的气候波动是产生和维持两种卵胎生鱼类现有系统地理格局的主要原因。（3）许氏平鲉养殖、野生子代群中的多重父权率较高，养殖子代群平均父本数量略高于野生子代群，且养殖子代群的父本数量波动较大，而野生子代群却相对集中，多重父权水平与种群密度有一定关系。（4）证实了朝鲜平鲉在我国的存在，并且提出了我国是否存在真正的铠平鲉的疑问。（5）8种平鲉属鱼类种内遗传距离小于种间差异水平，DNA条形码可以有效区分8种平鲉属鱼类。.本研究结果从形态和分子标记两个层次系统研究许氏平鲉和褐菖鲉的遗传多样性、种群遗传结构及其地理分布格局，比较分析西北太平洋卵胎生硬骨鱼类种群的历史演化过程，更合理地阐释西北太平洋古气候和古地质事件以及当今的海洋水文分布状况和地质构造特征等环境因素对两种鱼类种群的形成、分布扩散途径以及基因交流和系统进化的影响，提出许氏平鲉和褐菖鲉资源合理利用和有效的保护措施，为其渔业的可持续发展提供科学依据。在本研究课题的资助下，共发表SCI论文12篇，中文核心期刊论文10篇，国内一般刊物论文1篇；已发布中华人民共和国水产行业标准1项，审核待发布1项；在国际会议上进行特邀报告发表1次，分组报告1次及墙报发表3次;在国内会议上特邀大会报告发表2次，分组报告发表1次，墙报发表1次；培养博士生3名，硕士生3名。