探讨13q12.12肺癌风险染色质区增强子遗传变异的生物学效应及机制
批准号:
81874045
项目类别:
面上项目
资助金额:
57.0 万元
负责人:
孙玉洁
依托单位:
学科分类:
H1804.肿瘤遗传与进化
结题年份:
2022
批准年份:
2018
项目状态:
已结题
项目参与者:
孙鸾、程禾、杨楠、邵立培、左祥林、张雨、汪徐春
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中文摘要
阐述肺癌的遗传机制具有重要的理论和临床意义。我们前期实验和临床研究发现,13q12.12肺癌风险染色质区的13q-Enh2增强子在支气管上皮细胞中的活性显著升高;增强子中3个与肺癌Tag-SNP rs753955高度连锁的SNPs与肺癌组织中TNFRSF19基因表达下调紧密关联,且TNFRSF19表达水平与肺癌TNM分期显著负相关;这3个SNPs均位于增强子p53结合位点的侧翼序列中。本项目将系统运用细胞分子基因编辑和染色质分析等技术,验证我们的研究假设:13q-Enh2增强子对靶基因的调控活性,生物学功能及其对p53蛋白的反应性构成一个紧密联系的功能体系,在保护支气管上皮细胞正常表型中发挥重要生物学功能。增强子元件内的肺癌风险SNPs能够干扰增强子对p53的正常反应,抑制其对TNFRSF19基因的调控活性,促进肺癌发生与发展。该研究将为阐述肺癌的遗传机制提供富有启发性的新线索新思路。
英文摘要
Understanding lung cancer genetic mechanisms is critical for the disease diagnosis and individualized treatment, while elucidating biological consequences of risk SNPs is an attractive and challenging way to reveal cancer genetic mechanisms. SNP rs753955 within non-coding region of the 13q12.12 risk locus is highly associated with lung cancer risk of Chinese population. In our previous work we identified a new enhancer named 13q-Enh2 harboring three common genetic variations in high LD with the risk SNP rs753955. These three linked risk SNPs distributed within the flanking sequences of p53 binding sites. eQTL analysis in 117 Chinese NSCLC samples and GTEx data suggested suppressive effects of mutant enhancer alleles on the TNFRSF19 expression that was closely related to high tumor staging and short survival time. We hypothesize that the regulatory activity on target gene, biological functions and reactivity to p53 protein of the 13q-Enh2 enhancer form a functional system to help maintain normal phenotype of bronchial epithelia cells. The risk SNPs within the enhancer can interfere with the normal response of the enhancer to p53, inhibit its regulatory activity on TNFRSF19 gene, and thus impact on lung carcinogenesis. The aim of this project is to test our hypothesis by integrating cellular and molecular biological methods, gene editing and chromatin function analysis techniques and mouse model with xenograft tumors. The study will provide an illuminating new clue to the genetic mechanism of lung cancer.
遗传因素在肺癌的发生发展中发挥重要作用,揭示肿瘤风险染色质区遗传变异的生物学意义是阐述肿瘤遗传机制富有前景和挑战性的策略。位于13q12.12的Tag-SNP rs753955(A>G)与中国人群的肺癌风险高度相关。本研究综合利用基因编辑技术、遗传学、细胞生物学和分子生物学实验,结合临床样本分析,在rs753955的49kb强连锁不平衡区中发现了一个具有高度肺组织特异性的活性增强子。该增强子通过形成染色质环结构与相距150kb的TNFRSF19基因启动子相互作用上调其表达水平,进而有效保护正常肺支气管上皮细胞免受肺特异性强致癌物NNK诱导的DNA损伤和细胞恶性转化。进一步研究发现,该增强子能够与p53蛋白结合,其活性受p53蛋白调节。增强子内3个与Tag-SNP rs753955高度连锁的种系遗传变异rs17336602 (G>C), rs4770489 (A>G), and rs34354770 (A>C),则可通过显著削弱该增强子与p53蛋白的结合抑制其增强子活性,这一效应在细胞暴露于致癌物NNK时尤其突出。对117例中国人肺癌临床样本的分析结果以及GTEx数据进一步证实上述增强子遗传变异的促癌效应。这项研究揭示了13q12.12风险染色质非编码区遗传变异在肺癌发生中的生物学功能和机制,为阐述肺癌的遗传机理提供了重要实验依据和新的研究思路。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
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专利列表
The inherited variations of a p53-responsive enhancer in 13q12.12 confer lung cancer risk by attenuating TNFRSF19 expression
13q12.12 中 p53 响应增强子的遗传变异通过减弱 TNFRSF19 表达而赋予肺癌风险
DOI:10.1186/s13059-019-1696-1
发表时间:2019-05-24
期刊:GENOME BIOLOGY
影响因子:12.3
作者:Shao, Lipei;Zuo, Xianglin;Sun, Yujie
通讯作者:Sun, Yujie
The enhancer rare germline variation rs548071605 contributes to lung cancer development
增强子罕见种系变异rs548071605有助于肺癌的发展
DOI:10.1002/humu.24310
发表时间:2021-12
期刊:Human Mutation
影响因子:3.9
作者:Wang Xuchun;Cheng He;Yang Yin;Zuo Xianglin;Shao Lipei;Yu Dawei;Yang Nan;Zhang Yu;Li Ruilei;Wang Xinyuan;Shen Bin;Wang Jianying;Shi Xiao;Cao Pingping;Sun Luan;Han Xiao;Sun Yujie
通讯作者:Sun Yujie
Heritable Variants in the Chromosome 1q22 Locus Increase Gastric Cancer Risk via Altered Chromatin Looping and Increased UBAP2L Expression
染色体 1q22 位点的遗传变异通过改变染色质环和增加 UBAP2L 表达增加胃癌风险
DOI:10.1158/1541-7786.mcr-21-0001
发表时间:2021-12-01
期刊:MOLECULAR CANCER RESEARCH
影响因子:5.2
作者:Guan, Wei;Yang, Nan;Sun, Yujie
通讯作者:Sun, Yujie
13q12.12肺癌风险染色质区TNFRSF19:一个新的肺癌抑癌基因的功能和机制研究
- 批准号:--
- 项目类别:--
- 资助金额:55万元
- 批准年份:2020
- 负责人:孙玉洁
- 依托单位:
22q12.2肺癌风险染色质区增强子元件遗传变异的功能研究
- 批准号:81572789
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:57.0万元
- 批准年份:2015
- 负责人:孙玉洁
- 依托单位:
雌激素受体与乳腺癌细胞紫杉醇耐药表型的关系及作用机制研究
- 批准号:81172091
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:55.0万元
- 批准年份:2011
- 负责人:孙玉洁
- 依托单位:
远距离调控元件mbr对BCL2基因启动子表观遗传信息调控作用机制的研究
- 批准号:90919051
- 项目类别:重大研究计划
- 资助金额:60.0万元
- 批准年份:2009
- 负责人:孙玉洁
- 依托单位:
TIMP-1蛋白对乳腺癌细胞紫杉醇敏感性的抑制效应及机制研究
- 批准号:30870978
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:31.0万元
- 批准年份:2008
- 负责人:孙玉洁
- 依托单位:
下游调控元件远距离调控BCL2原癌基因转录活性机制的研究
- 批准号:30772490
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:29.0万元
- 批准年份:2007
- 负责人:孙玉洁
- 依托单位:
滤泡样淋巴瘤细胞中BCL2基因异常调节的分子生物学机制
- 批准号:30371592
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:20.0万元
- 批准年份:2003
- 负责人:孙玉洁
- 依托单位:
国内基金
海外基金















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