集成多种数据源识别导致常见疾病的遗传变异
结题报告
批准号:
60805010
项目类别:
青年科学基金项目
资助金额:
22.0 万元
负责人:
江瑞
依托单位:
学科分类:
F0304.系统工程理论与技术
结题年份:
2011
批准年份:
2008
项目状态:
已结题
项目参与者:
孙丰珠、裴云飞、王曦、武征鹏、吴雪兵、刘莹
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中文摘要
本项目研究集成基因组、蛋白质组、及蛋白质相互作用网络等多种数据源识别导致常见疾病的遗传变异的模式识别与机器学习方法。对于发生在蛋白质编码区的非同义单核苷酸多态性及其对应的蛋白质序列上的氨基酸置换,我们将致力于建立基因/蛋白质与常见疾病的关联关系,建立蛋白质功能域与常见疾病的关联关系,并在此基础上研究从分散于全基因组的遗传变异中识别导致特定疾病的非同义单核苷酸多态性的模式识别方法。对于发生在非蛋白质编码区中的单核苷酸多态性,我们将借鉴对氨基酸置换的研究成果,探索基于DNA序列保守性对致病单核苷酸多态性进行识别的机器学习方法。本项目的预期研究成果将转化为应用软件,为在全基因组尺度上识别致病非同义单核苷酸多态性提供实用的工具,为非蛋白质编码区中致病单核苷酸多态性的识别探索有效的途径,从而为应用模式识别理论与机器学习方法解决生命科学中的实际问题提供有益的借鉴。
英文摘要
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Prioritization of candidate single amino acid polymorphisms using one-class learning machines
使用一类学习机对候选单氨基酸多态性进行优先排序
DOI:--
发表时间:--
期刊:International Journal of Computational Biology and Drug Discovery
影响因子:--
作者:Wu, Jiaxin;Gan, Mingxin;Jiang, Rui
通讯作者:Jiang, Rui
Bayesian models and Gibbs sampling strategies for local graph alignment and motif finding in stochastic networks
用于随机网络中局部图对齐和主题查找的贝叶斯模型和吉布斯采样策略
DOI:--
发表时间:--
期刊:Communications in Information and Systems
影响因子:0.9
作者:Jiang, Rui;Sun, Fengzhu;Ting, Chen
通讯作者:Ting, Chen
DOI:10.1093/bioinformatics/btr213
发表时间:2011-07-01
期刊:Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子:--
作者:Chen Y;Jiang T;Jiang R
通讯作者:Jiang R
Clustering 16S rRNA for OTU prediction: a method of unsupervised Bayesian clustering.
用于 OTU 预测的 16S rRNA 聚类:一种无监督贝叶斯聚类方法
DOI:10.1093/bioinformatics/btq725
发表时间:2011-03-01
期刊:Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子:--
作者:Hao X;Jiang R;Chen T
通讯作者:Chen T
Chromatin regulation and gene centrality are essential for controlling fitness pleiotropy in yeast.
染色质调控和基因中心性对于控制酵母的适应性多效性至关重要
DOI:10.1371/journal.pone.0008086
发表时间:2009-11-30
期刊:PloS one
影响因子:3.7
作者:Zhou L;Ma X;Arbeitman MN;Sun F
通讯作者:Sun F
融合单细胞多组学数据的细胞通讯网络构建与分析
  • 批准号:
    --
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    53万元
  • 批准年份:
    2022
  • 负责人:
    江瑞
  • 依托单位:
整合序列与染色质状态大数据解析基因调控模式的深度学习方法
  • 批准号:
    61873141
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    66.0万元
  • 批准年份:
    2018
  • 负责人:
    江瑞
  • 依托单位:
整合遗传学与基因组学信息的全基因组测序数据分析方法
  • 批准号:
    61573207
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    67.0万元
  • 批准年份:
    2015
  • 负责人:
    江瑞
  • 依托单位:
融合多种表型相似性和基因相似性的疾病关联基因预测方法
  • 批准号:
    61175002
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    59.0万元
  • 批准年份:
    2011
  • 负责人:
    江瑞
  • 依托单位:
国内基金
海外基金