利用"科学三号"、"科学一号"科学考察船，聚焦东海海域的科学问题，在春季、秋季各组织具有公益性、基础性、战略性的海洋科学考察共享航次，以河口和陆架边缘海海洋环境演变和生态系统响应为主线，通过物理海洋、海洋地质、海洋生物和海洋化学等多学科的综合调查研究，获取长周期的区域海洋样品和环境参数变化记录，以期揭示全球变化背景下长江口和东海区域的响应过程和机理，开展海洋基础科学和海洋综合管理研究，最大限度的发挥现有资源的潜能，提升东海海洋科学研究水平。