科研机构为了能够在激烈的国际、国内竞争中保持领先位置，并在高水平上实现可持续发展，其科研投入产出的效益是一个非常值得研究的问题。科研机构投入产出效益分析包含两重含义：效率分析（efficiency）和效果分析（effectiveness），即科研机构的效益不但体现在人与经费的匹配、资源的使用效率、而且体现在机构学科影响力或科技影响力方面。当前我国对科研机构的评价主要侧重在科学价值、科研产出和影响力方面，缺乏对科研机构投入产出效益分析的理论研究和系统评价。本课题以软系统方法论(SSM)为基础，结合数据包络分析(DEA)方法，在系统分析科研机构不同层面权益人的需求、内部体制和机制、外部客观环境的基础上建立具有系统性、透明性和可操作性的3E核心指标体系, 同时结合SSM系统分析发展DEA理论和模型，以期在科研机构投入产出效益进行分析的基础上，为未来的科技评价提供理论指导和决策依据。