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基于逐步模型树多组学融合调控网络方法的直肠癌新辅助化疗敏感标志物筛选研究

批准号:
82073666
项目类别:
面上项目
资助金额:
57.0 万元
负责人:
张秋菊
依托单位:
学科分类:
流行病学方法与卫生统计
结题年份:
2024
批准年份:
2020
项目状态:
已结题
项目参与者:
张秋菊

项目摘要

结项摘要

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中文摘要
术前新辅助治疗作为直肠癌患者的重要治疗手段,可以让不可切除的肿瘤变得可切除,提高患者保肛率,改善患者生活质量,优化无瘤生存率和总生存率。但并不是所有接受新辅助治疗的直肠癌患者都能获得良好的病理完全反应继而从中获益,有研究显示完全病理反应的患者仅占10%-25%。因此如何识别对新辅助治疗反应敏感患者,避免不敏感患者的过度治疗和无效治疗,是目前临床难题,也是个体化医疗的面临的重大挑战。.本研究提出逐步模型树多组学融合调控网络模型,对多组学数据建立有方向且加权的生物调控网络模型。进而利用此模型融合分析新辅助化疗直肠癌患者的蛋白质组学和代谢组学数据并建立调控网络,以发掘更具有临床意义和更接近生物学实际的化疗敏感标志物和相关代谢通路。为临床直肠癌新辅助化疗敏感患者的预测和识别提供强有力证据,为直肠癌患者选择合适的治疗方案,进一步加强个体化医疗提供有力支持。
英文摘要
Neoadjuvant chemotherapy (NCT) is the standard therapy for rectal cancer patients (NCPs), letting it possible to resect rectal tumors at terminal stages, enhancing the probability of anus reservation, improving the life quality, tumor-free survival and overall survival. However, after accepting the NCT, not all of NCPs would be sensitive and beneficial from it, and even members of pathological complete remission only account for 10%-25%. Indeed, it is also a difficult problem for clinical therapy and individualized medicine practice that how to distinguish heterogeneous NCPs before treatment, and avoid overtreatment and ineffective treatment for the non-sensitive. .In our study, we make an analytical model that takes directions and weights in regulatory networks into account, that is multi-omics fusion regulatory network based on progressive model tree. Further, we could utilize it to fuse proteomics and metabolomics data and build their regulatory networks, and then discover NCT-sensitive biomarkers and relative metabolic pathways. Through method of data fusion, we can select biomarkers and pathways with more clinical and biological meanings, and provide us more evidences to distinguish NCT-heterogeneous patients, in order to choose proper therapeutic regimen and improve effectiveness of individualized medicine.
基于多组学数据融合的网络构建,考虑组学间的上下游关联,能帮助更加全面立体地认识机体内发生的调控关系改变,在获得与疾病相关的真实通路和关键分子变化方面比单组学更有优势。本研究提出逐步模型树多组学融合调控网络模型,基本理论框架是基于逐步诱导的模型树结构,在原有二分递归模型树的基础上引入回归结点实现自上而下逐步模型树的构建。并利用金标准网络通过模拟实验评价逐步模型树网络构建准确性,同时利用所建立的逐步模型树调控网络,筛选具有不同反应结局新辅助化疗进展期直肠癌患者蛋白质组学和代谢组学敏感差异代谢通路及标志物,将方法与理论研究与实际应用研究相结合。.本研究主要研究内容包括4部分:基于逐步模型树多组学融合网络的构建、差异网络分析与节点重要性评价、模型评价与方法比较、进展期直肠癌患者新辅助化疗蛋白质组学及代谢组学融合标志物筛选及通路筛选研究。.模拟结果显示与其他五种常见生物网络构建方法相比,逐步模型树在有向网络推断中表现最好,基于全局-局部效应的调控边筛选及边权重估计能得到更接近真实调控关系的网络结构;由于进行网络整体水平上的边过滤,逐步模型树不适合用于无向网络推断。利用此方法构建直肠癌新辅助化疗多组学数据差异网络即敏感标志物筛选,探索与新辅助化疗敏感有关的通路改变和标志物,为临床直肠癌新辅助化疗敏感患者的预测和识别提供特异标志物。筛选到与新辅助相关代谢组学标志物12个,拟合预测新辅助化疗敏感性模型,其灵敏度为81.03%,特异度为65.63%,预测准确率为75.62%,AUC值为0.776。发现12个差异蛋白。富集分析发小非反应组主要表现为代谢通路的改变,包括氨基酸代谢、脂质代谢等,反应组主要表现出免疫和炎症相关通路的激活,如补体级联反应、中性粒细胞胞外陷阱形成等。
基于动态概率主成分分析模型的钙干预敏感标志物代谢组学研究
  • 批准号:
    81502889
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    18.0万元
  • 批准年份:
    2015
  • 负责人:
    张秋菊
  • 依托单位:
国内基金
海外基金