生命起源过程中“生物信息系统替代”的计算机模拟研究
批准号:
31170958
项目类别:
面上项目
资助金额:
50.0 万元
负责人:
马文涛
依托单位:
学科分类:
生物仿生与人工智能
结题年份:
2015
批准年份:
2011
项目状态:
已结题
项目参与者:
余纯武、张文涛、曹源、王友堂、陈建、周洁
中文摘要
"生物信息系统"由相互依赖的"遗传信息延续"和"信息功能实现"子系统组成,其载体分别为DNA和蛋白质,在生命起源过程中难以同时出现。目前诸多证据支持"RNA世界"假说,即起初这两大子系统的载体都是RNA。此假说需要阐释这种RNA生命如何被"DNA/RNA/蛋白质"生命替代;同时,由于核苷酸难以由前生命化学合成,在"RNA世界"之前很可能还有一个"pre-RNA世界",那么此替代过程也需要阐释。然而,生命起源过程中的这种"生物信息系统替代"历时漫长,实验工作难以直接研究其演化机制。基于我们前期建立的有关RNA世界中的分子和原始细胞演化的模拟平台,本项目拟建立"从pre-RNA世界到RNA世界"以及从"RNA世界到DNA/RNA/蛋白质世界"的演化模型,进行"生物信息系统替代"的计算机模拟研究,旨在探讨该演化过程的动力学机制和限制条件,为相关的实验研究提供线索,从而推进生命起源问题的科学探索。
英文摘要
由相互依赖的“遗传信息延续”子系统和“信息功能实现”子系统组成的“生物信息系统”在生命起源过程中难以同时出现。生命起源领域的中心学说“RNA世界”假说认为,起初,这两大子系统的载体,即“遗传信息载体”和“功能实现载体”可能都是RNA分子。此假说需要解释RNA分子作为主要的遗传信息载体如何被DNA取代,以及作为主要的功能实现载体如何被蛋白质取代;同时,由于核苷酸难以由前生命化学合成,在RNA世界前很可能还有一个由类RNA分子组成的“pre-RNA世界”,那么“从pre-RNA世界到RNA世界”的替代过程也需要解释。然而,由于生命起源过程中的这种“生物信息系统”替代过程是在漫长的地质年代中发生的,实验研究难以直接探索其具体的演化机制,进展十分缓慢。另一方面,相关的理论研究缺乏有效的计算机模型,主要的工作仍停留于推测和假想。基于我们前期建立的有关RNA世界中的分子演化和原始细胞演化的计算机模拟研究平台,本项目建立了“从pre-RNA世界到RNA世界”以及从“RNA世界到DNA/RNA/蛋白质世界”的计算机模型,进行了“生物信息系统替代”的计算机模拟研究,探讨了该演化过程的动力学机制和限制条件,为生命起源中这种演化过程的研究提供了理论依据和实验线索,增进了我们对生命本质问题的理解。其中最重要的结果在于"RNA世界”中DNA的出现相关的计算机模拟,此模拟明确显示,遗传替代过程是可能的,并且很可能是由很简单机制触发的。此研究在相当大的程度上支持了RNA世界的存在性,甚至“前RNA世界”的存在性,并说明生命在本质上是基于信息,而不是物质的,从而为我们理解生命本质提供了十分有价值的证据。
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DOI:
10.3390/life5010447
发表时间:
2015-02-09
期刊:
Life (Basel, Switzerland)
影响因子:
--
作者:
[Ma W, Feng Y]
通讯作者:
Feng Y
DOI:
10.1002/cbdv.201400188
发表时间:
2014-12-01
期刊:
CHEMISTRY & BIODIVERSITY
影响因子:
2.9
作者:
[Ma, Wentao]
通讯作者:
Ma, Wentao
Computer simulation on the cooperation of functional molecules during the early stages of evolution.
计算机模拟进化早期阶段功能分子的合作。
DOI:
10.1371/journal.pone.0035454
发表时间:
2012
期刊:
PloS one
影响因子:
3.7
作者:
[Ma W, Hu J]
通讯作者:
Hu J
DOI:
10.1080/073911012010525008
发表时间:
2012-02
期刊:
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
影响因子:
4.4
作者:
[Wentao Ma]
通讯作者:
Wentao Ma
Circularity and self-cleavage as a strategy for the emergence of a chromosome in the RNA-based protocell.
环状和自裂解作为基于 RNA 的原始细胞中染色体出现的策略
DOI:
10.1186/1745-6150-8-21
发表时间:
2013-08-23
期刊:
Biology direct
影响因子:
5.5
作者:
[Ma W, Yu C, Zhang W]
通讯作者:
Zhang W
共 6 条
生命起源过程中“标签介导的遗传信息复制和表达的出现及演化”的计算机模拟研究
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批准号:31571367
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项目类别:面上项目
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资助金额:25.0万元
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批准年份:2015
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负责人:马文涛
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依托单位:
“RNA世界”中原始细胞出现的计算机模拟研究
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批准号:30870660
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项目类别:面上项目
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资助金额:30.0万元
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批准年份:2008
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负责人:马文涛
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依托单位:
国内基金
海外基金