基于Solexa深度测序的高通量、低成本微生物多样性研究方法的建立与优化

群落结构研究方法是影响微生物生态学发展的关键因素之一。通过454测序仪测定16S rRNA可变区是该领域的重大突破，它可以一次测定40万到100万条序列，从而获得系统、全面、结构化的群落多样性数据。但是，该方法存在成本偏高，通量不足等缺陷。申请者初步建立了一种采用Solexa测序平台，通过配对双末端法，测定16S rRNA可变区序列的新方法。该方法以现有454技术1/2以下的成本，获得400万到1000万条序列，并且序列准确性更高。在前期建立了样品制备、测序、序列分析以及生态学统计基本流程基础上，本课题将进一步通过人工及天然群落评估该方法测定群落结构的可靠性,分析DNA提取、PCR体系、引物等实验条件的影响，并与454等方法进行比较，进一步完善相关的生物信息学工具。作为一种操作简单、分辨率高、低成本(小于￥0.005元每条序列)的手段，该方法的建立与推广将对微生物生态学的研究产生积极影响。