本项目为了查明阿尔泰山两河源国家级自然保护区地衣物种多样性、区系结构以及地衣群落结构特征，在保护区的不同自然景观，按海拔高度设置地衣取样样地，采集不同类型基物上的地衣，计算地衣的覆盖度、频度。采用除趋势对应分析、双向指示种分析、典范对应分析、聚类分析、主成分分析等方法对朽木生、岩面生、地面生、树生地衣群落进行数量分类，并分析了地衣群落物种分布与环境因素间的关系。同时采用聚类分析和主成分分析方法对该自然保护区的地衣区系组成与国内其它地区地衣区系的关系进行了比较研究。经过四年在野外考察及实验室系统的研究，全面反映了新疆阿尔泰山两河源国家级自然保护区地衣资源的系统分类学、生态学、地理成分以及地衣多样性等一系列生物学特征。我们的研究结果如下：（1）该自然保护区的地衣共有201种（含不完全地衣1属2种），隶属于8目、29科、64属。其中茶渍目地衣种类最多，共有 156种、隶属于19科、48属，分别占该地区地衣科、属、种总数的65.52%、75%、77.61%，是该地区的优势目。同时我们对优势科、优势属和单种科、单种属进行了统计分析。（2）该自然保护区地衣的区系地理成分包括以下7个类型。 ①世界广布成分：有20种，占总数的9.85%；②泛热带成分：有2种，占总数的0.99%；③环北极成分：有63种，占总数的31.03%；④温带成分: 有75种，占总数的36.95%；⑤东亚成分：有8种，占总数的3.94%；⑥两极分布种: 有2种占总数的0.99%；⑦中国特有种：有33种，占总数的16.26%。地衣区系中温带成分占优势，环北极成分较明显，世界广布成分较多，同时与东亚成分保持联系，含很少的泛热带和两极成分；区系具有一定的古老性特点。（3）对地衣群落的定量研究表明，该地区树附生地衣群落、朽木生地衣群落、地面生地衣群落、岩面生地衣群落的种类丰富，结构复杂，充分的反映了保护区自然环境的多样性和地衣对环境适应性的综合特点。各地衣群落中物种的分布主要受到海拔高度、人为干扰强度，森林郁闭度，湿度，光强度、朽木腐蚀程度、朽木大小、土壤湿度、土壤pH、灌木层盖度和岩石的类型等因素的影响。本国家基金项目的研究成果将为我国地衣资源的深入研究、发展我国地衣生态学研究、地衣学研究方面高层次人才的培养、促进国际合作交流等方面提供和积累重要的科学性参考资料。