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兔源十二指肠贾第虫集聚体B宿主适应性的基因组特征研究

批准号:
32102698
项目类别:
青年科学基金项目(C类)
资助金额:
30.0 万元
负责人:
李俊强
依托单位:
学科分类:
兽医寄生虫学
结题年份:
2024
批准年份:
2021
项目状态:
已结题
项目参与者:
李俊强

项目摘要

结项摘要

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中文摘要
十二指肠贾第虫(Giardia duodenalis)是一种常见可感染人和多种哺乳动物的人兽共患原虫,对人体健康和畜牧养殖业危害巨大。课题组前期研究发现,兔感染的贾第虫以集聚体B为主,多位点序列分析显示兔源G. duodenalis集聚体B具有宿主适应性特征。本项目拟选择具有代表性的兔源G. duodenalis集聚体B分离株,采用单包囊挑选测序技术获得其全基因组序列。通过与贾第虫其它集聚体(A,B,C,D,E)全基因组序列的群体遗传结构学和比较基因组学研究,筛选与宿主适应性相关的基因,特别是贾第虫-宿主细胞相互作用密切相关的变异特异性表面蛋白(VSPs)基因,为进一步研究与宿主适应性有关的蛋白功能奠定基础。研究结果将推动贾第虫基因分型和分子诊断方法的创新,为贾第虫病的药物治疗和疫苗开发提供潜在靶点或新思路。
英文摘要
Giardia duodenalis is a common zoonotic protozoa that could widely infect humans and many mammals, which is great harmful to human health and animal husbandry. In our previous studies, we found that G. duodenalis assemblage B was the dominant assemblage in rabbits, and the multi-locus sequence typing analysis showed that G. duodenalis assemblage B from rabbits had the characteristics of host adaptability. In this project, the representative isolates of G. duodenalis assemblage B from rabbits were selected, and the whole genomes sequences were obtained by single cyst sequencing technology. Population genetic structure and comparative genomics analysis were carried out by the whole genome sequences with other G. duodenalis assemblages (A, B, C, D, E) for screening of genes related to host adaptability, and in particular on variant specific surface proteins (VSPs) gene closely related to Giardia-host cell interaction, which laid a foundation for further studies of proteins functions related to host adaptation. The results will promote the innovation of genotyping and molecular diagnostic methods for Giardia, and provide potential targets or new ideas for drug therapy and vaccine development of giardiasis.
十二指肠贾第虫(Giardia duodenalis)是一种常见的人兽共患原虫,可感染人和多种动物,对公共卫生和畜牧养殖业危害巨大。本项目针对我国部分地区养殖场兔源贾第虫开展分子流行病学调查,获取兔源十二指肠贾第虫阳性分离株,并以不同宿主来源的十二指肠贾第虫集聚体分离株作为主要研究对象。经过反复探索与优化,本研究开发出适用于显微操作系统的贾第虫单细胞挑选包囊纯化方法,成功建立贾第虫单包囊全基因组测序平台。借助该平台,利用牛津纳米孔测序技术(ONT)和PacBio测序平台的长读长数据,并辅助以二代短读长数据进行纠错,完成了十二指肠贾第虫WB分离株染色体水平的基因组测序与组装。研究获取了人、猪、牛、羊和猴等不同动物源的13个十二指肠贾第虫阳性分离株(包括集聚体A、B、C、D、E)。基于单包囊全基因组测序结果显示,基因组全长在9.44M-12.49M之间,共注释5964-9904个蛋白编码基因。系统发育分析表明,十二指肠贾第虫大约在6.17亿年前从与鲑鱼螺旋核虫的共同祖先分化而来。比较基因组学研究发现,集聚体B基因组中与宿主适应性有关的蛋白有147个,其中VSP蛋白仅有1个。对具有宿主适应功能的蛋白进行GO分析和pathway分析后,发现大部分此类蛋白质与生物进程相关。综上所述,本项目首次基于显微操作系统建立贾第虫单包囊全基因组测序平台,获得十二指肠贾第虫各集聚体分离株的基因组数据。通过比较基因组学,初步探索了十二指肠贾第虫集聚体B的宿主适应性机制。本项目研究成果将推动贾第虫基因分型和分子诊断方法的创新,为贾第虫病的药物治疗和疫苗开发提供潜在靶点与新思路。
泛基因组学视角解析基因组结构变异驱动十二指肠贾第虫宿主适应性分化机制
  • 批准号:
    32673894
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    50.00万元
  • 批准年份:
    2026
  • 负责人:
    李俊强
  • 依托单位:
国内基金
海外基金