隐孢子虫病是一种重要的人畜共患原虫病。本项目以C.andersoni为研究材料,克隆线粒体基因组并用Gene Construction Kit 25拼接序列；用Clustal X软件与疟原虫线粒体基因组相比较；用MacVector4.1.4软件分析蛋白质编码基因；用Clustal X推导氨基酸序列，并与报道的寄生性原虫如疟原虫、泰勒虫等相比较。用tRNAscan软件鉴定出trn基因。选取不同的基因或DNA片段构建隐孢子虫种内、种间及与其它亲缘种的种系发育进化树，评价其在隐孢子虫系统发生中的地位,克隆18SrRNA基因和70kDa热休克蛋白编码基因构建进化树作为线粒体基因构建进化树的参照。通过本项目的研究可建立隐孢子虫种类鉴定和基因型分析的新技术，为隐孢子虫分子流行病学的研究奠定基础。此外，线粒体是药物作用的靶器官，分析编码蛋白基因为今后药物研制提供新思路。