基于ROH分析的安徽地方猪种群体遗传学评估及种质优异基因鉴定
结题报告
批准号:
31972531
项目类别:
面上项目
资助金额:
57.0 万元
负责人:
殷宗俊
依托单位:
学科分类:
家畜种质资源与遗传育种学
结题年份:
2023
批准年份:
2019
项目状态:
已结题
项目参与者:
殷宗俊
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中文摘要
在动物育种实践中,近交是需要考虑的重要因素。通常,我们根据动物群体的系谱信息进行近交估计,但受记录不完整和历史近交忽略的影响,导致估计错误率高、真实近交水平被低估。随着重测序成本不断下降,使得利用全基因组SNPs信息在基因组水平上评估种群真实近交成为可能。长纯合片段(runs of homozygosity, ROH)是生物个体基因组中纯合基因型的连续片段。ROH可用于度量群体的遗传结构和近交水平。基于此,本项目拟对安徽地方猪种6个种群进行低覆盖度重测序,结合前期优化的基因型填充方法,开展种群ROH分析,计算基因组近交系数,评估安徽各个地方猪种群体遗传结构和近交水平,捕获安徽地方猪种高频ROH区域和种质优异基因,揭示安徽地方猪种优良种质特性形成的遗传基础,为促进安徽地方猪种质资源保护与种群育种规划提供参考依据。
英文摘要
Inbreeding is an important factor to consider in animal breeding practices. We usually estimate inbreeding based on the pedigree information of animal populations, but due to the influence of incomplete records and neglectful historical inbreeding, the estimation error rate was high and the true inbreeding level was underestimated. As the cost of resequencing is in declining, it is possible to use genome-wide SNPs information to assess true population genomic inbreeding level. Runs of homozygosity (ROH) are contiguous segments of homozygous genotype, which can be used to estimate the genetic structure and inbreeding level in populations. Based on this, the project aims to perform ROH analysis of the populations and calculate genomic inbreeding coefficient using NGS technology of low coverage in 6 Anhui indigenous pig breeds, and should combine with the optimized genotype imputation method, evaluates genetic structure and the inbreeding level of each indigenous pig population in Anhui, and obtains high frequency ROH region and germplasm related excellent functional genes of Anhui indigenous pig breeds. The results will reveal the genetic basis of excellent germplasm characteristics of Anhui indigenous pig breeds and provide scientific support for promoting the protection of genetic resources and population breeding programs of Anhui indigenous pig breeds.
期刊论文列表
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专利列表
DOI:10.1111/age.13250
发表时间:2022-09
期刊:Animal genetics
影响因子:2.4
作者:Xudong Wu;Ren-chao Zhou;Yuanlang Wang;Wei Zhang;Xianrui Zheng;Guiying Zhao;Xiaodong Zhang;Z. Yin;Yueyun Ding
通讯作者:Xudong Wu;Ren-chao Zhou;Yuanlang Wang;Wei Zhang;Xianrui Zheng;Guiying Zhao;Xiaodong Zhang;Z. Yin;Yueyun Ding
DOI:10.3390/genes14020472
发表时间:2023-02-12
期刊:Genes
影响因子:3.5
作者:
通讯作者:
DOI:--
发表时间:2023
期刊:畜牧兽医学报
影响因子:--
作者:刘阳光;章会斌;文浩宇;谢帆;赵世明;丁月云;郑先瑞;殷宗俊;张晓东
通讯作者:张晓东
DOI:10.5713/ab.20.0679
发表时间:2021-12
期刊:Animal bioscience
影响因子:2.2
作者:Wu X;Zhou R;Zhang W;Cao B;Xia J;Wang C;Zhang X;Chu M;Yin Z;Ding Y
通讯作者:Ding Y
DOI:10.11843/j.issn.0366-6964.2023.07.012
发表时间:2023
期刊:畜牧兽医学报
影响因子:--
作者:王静琳;刘阳光;徐启隆;陈朔;邓在双;程诗雨;丁月云;郑先瑞;殷宗俊;张晓东
通讯作者:张晓东
低覆盖度皖南黑猪NGS数据的基因型填充和选择信号检测方法研究
  • 批准号:
    31572377
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    64.0万元
  • 批准年份:
    2015
  • 负责人:
    殷宗俊
  • 依托单位:
阈性状基因组育种值(gEBV)估计的贝叶斯方法
  • 批准号:
    31171200
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    50.0万元
  • 批准年份:
    2011
  • 负责人:
    殷宗俊
  • 依托单位:
国内基金
海外基金